Banca de QUALIFICAÇÃO: RUANA CAROLINA CABRAL DA SILVA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : RUANA CAROLINA CABRAL DA SILVA
DATA : 30/03/2022
LOCAL: videoconferência
TÍTULO:

PROSPECÇÃO, CARACTERIZAÇÃO E PREDIÇÃO IN SILICO DE LECTINAS DE FEIJÃO-CAUPI VISANDO À SELEÇÃO DE UM NOVO COMPOSTO ANTIMICROBIANO

PALAVRAS-CHAVES:

 Vigna unguiculata;Vírus;Déficit hídrico;RNA-Seq;Biomoléculas. 

PÁGINAS: 101
RESUMO:

As diversas atividades biológicas atribuídas às lectinas têm despertado atenção por sua potencial aplicação biotecnológica e no melhoramento de plantas. O feijão-caupi (Vigna unguiculata (L.) Walp.) é uma espécie de grande importância econômica e disponibilidade de recursos genômicos. Nesse contexto, o presente trabalho buscou identificar e caracterizar lectinas de feijão-caupi, avaliando sua estrutura e função através de abordagens bioinformáticas, a fim de selecionar candidatos para testes in vitro, com vistas ao desenvolvimento de novos agentes antimicrobianos. Bibliotecas de RNA-Seq foram geradas a partir de tecidos radiculares da cultivar Pingo-de-ouro, coletados em dois tempos distintos (25 minutos e 150 minutos após desidratação radicular). Para o estresse biótico, o RNA-Seq foi gerado a partir de tecido foliar das cultivares BR-14 mulato (resistente ao CPSMV e susceptível ao CABMV) e IT 85F-2687 (resistente ao CABMV e susceptível ao CPSMV) coletados em dois tempos distintos (60 minutos e 16 horas) após a inoculação do acesso resistente ao vírus citado. As sequências-sonda de genes candidatos de lectinas foram recuperadas de bancos de dados, sendo alinhadas posteriormente via tBLASTn e HMMER3 contra o genoma e o transcriptoma da espécie. Em seguida, foi realizada a prospecção estrutural e funcional a partir de ferramentas de análise in silico. Foram identificadas, após retirada de redundâncias, 2149 e 246 lectinas candidatas nos transcriptomas e genoma analisados, respectivamente. Desse total, 197 possuíam domínios conservados e íntegros no transcriptoma e 76 no genoma. Além disso, a busca por domínios conservados possibilitou a identificação de cinco domínios distintos em ambas as análises: B_lectin; B_lectin superfamily; Lectin_legB; Lectin_legume_LecRK_Arcelin_ConA e Lectin_L-type superfamily. Foram identificadas regiões de peptídeo sinal (especialmente nas sequências genômicas) e pontes de dissulfeto (cerca de 40 padrões). Com relação à expressão diferencial, foram identificados 13 transcritos induzidos e três reprimidos no tempo de 60 minutos, oito candidatos apresentaram-se induzidos e dois reprimidos com 16 horas, para o estresse por CABMV. Por sua vez, 14 candidatos foram induzidos e 11 reprimidos com 60 minutos e um transcrito mostrou-se induzido e dois foram reprimidos com 16 horas após inoculação com CPSMV. Além disso, nove candidatos foram modulados (induzidos ou reprimidos) em mais de um tempo. No que se refere ao estresse abiótico, no tempo de 25 minutos, foram identificados seis transcritos induzidos e dez reprimidos, ao passo que com 150 minutos, 28 foram induzidos e cinco reprimidos, sugerindo que as lectinas são ativadas, em sua maioria, mediante um déficit hídrico mais prolongado. A análise fenética demonstrou a formação de três grupos no transcriptoma e dois no genoma. A atividade antimicrobiana in silico revelou que dos 197 transcritos, 168 tiveram predição como antifúngicos, 15 antivirais e 13 antibacterianos. Por sua vez, no genoma 35 alvos tiveram atividade antifúngica predita e três antibacterianos. Dos alvos do genoma e transcriptoma, 12 sequências foram modeladas, revelando certa conservação, principalmente das folhas beta. Na dinâmica em reação aquosa algumas estruturas se mantiveram estáveis ao longo da análise, enquanto que outras apresentaram pontos de oscilação. Os alvos identificados são promissores para validação por qPCR, assim como para modificação e geração de análogos de peptídeos vegetais a partir do banco de lectinas do feijão-caupi, com possíveis atividades antimicrobianas.

 

 

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 917.956.213-20 - JOSÉ RIBAMAR COSTA FERREIRA NETO - UFPE
Externo à Instituição - MARX OLIVEIRA DE LIMA
Interna - 1133984 - PATRICIA MARIA GUEDES PAIVA