Atualmente, temos associados ao desenvolvimento de diversas doenças crônicas não transmissíveis a presença de hábitos não saudáveis como comportamento sedentário, alimentação não saudável e a exposição a fatores de risco, como o consumo de álcool e Tabaco. Por outro lado, tem sido evidenciado que este cenário pode ser modificado por meio de um processo educativo em saúde, sobretudo na infância e adolescência. Assim também, neste contexto, a Educação Física escolar surge como espaço privilegiado de atuação e implementação de propostas significativas neste sentido. Por isso, o presente estudo tem como objetivo identificar como os estudos atualmente estão operacionalizando as variáveis Educação Física Escolar, Educação em saúde e Doenças Crônicas não Transmissíveis, bem como os principais instrumentos, estratégias de análises e o que tem sido constatado na literatura atual. Para tanto, como procedimento metodológico será realizada uma revisão sistemática da literatura, focada na identificação, avaliação e síntese de estudos que explorem o papel da Educação Física escolar na promoção da saúde e a prevenção de doenças crônicas não transmissíveis (DCNT) por meio da Educação em Saúde.