ENGENHARIA COMPUTACIONAL DE POTENCIAIS INIBIDORES PROTEICOS CAPAZES DE BLOQUEAR O PROCESSO DE DIMERIZAÇÃO DA PROTEASE PRINCIPAL DO VÍRUS SARS-COV-2
A protease principal (𝑀𝑝𝑟𝑜) do vírus SARS-CoV-2 em sua forma homodimérica é responsável
pelo processo de maturação das poliproteínas virais, que são necessárias para transcrição e
replicação viral. Em consequência da dimerização ser essencial para atividade catalítica da
𝑀𝑝𝑟𝑜 - a interface de dimerização se torna uma via para o desenvolvimento de estratégias
antivirais. Por tanto, nosso objetivo é projetar proteínas que se liguem competitivamente a
interface de dimerização e sejam capazes de inibir a atividade enzimática da protease. Para isso,
utilizamos o protocolo MotifGraft para transplantar pequenos motivos de ligação da interface
da 𝑀𝑝𝑟𝑜 para uma biblioteca de proteínas carreadoras; seguido por uma etapa de desenho de
sequência para otimizar a afinidade de ligação e estabilidade das proteínas. A estabilidade das
proteínas desenhadas foram avaliadas através de simulações por dinâmica molecular. Após as
nossas análises, identificamos 15 proteínas que apresentam afinidade de ligação entre -53 e
-71 REU (unidade de energia do Rosetta). Além disso, observamos através das simulações por
dinâmica molecular que 13 proteínas desenhadas são estáveis e apresentam um comportamento
similar as proteínas carreadoras nativas. Nossos resultados indicam que as proteínas apresentam
potencial para bloquear o processo de dimerização da 𝑀𝑝𝑟𝑜 de SARS-CoV-2.