Banca de DEFESA: DENYS EWERTON DA SILVA SANTOS

Uma banca de DEFESA de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : DENYS EWERTON DA SILVA SANTOS
DATA : 02/08/2021
HORA: 14:00
LOCAL: Auditório Benício de Barros Neto
TÍTULO:

SuAVE: UMA FERRAMENTA PARA ANÁLISE DE PROPRIEDADES DEPENDENTES DE CURVATURA EM INTERFACES QUÍMICAS

PALAVRAS-CHAVES:

Geometria Diferencial, Tesselação de Superfícies, Teoria de Helfrich, Energia de Deformação Elástica.

PÁGINAS: 205
RESUMO:

O programa SuAVE (Surface Assessment Via grid Evaluation) é um programa escrito em
Fortran 90 que faculta a análise de propriedades geométricas de superfícies e interfaces
químicas, considerando a morfologia estrutural destes sistemas. O conjunto de rotinas
numéricas depende de um processo de ajuste de superfície estabelecido com base na
geometria diferencial e computacional e no cálculo numérico. O programa foi desenvolvido
para ser aplicado a qualquer superfície ou interface orgânica, inorgânica ou biológica,
apresentando ou não curvatura e exibindo uma ampla gama de morfologias. O programa
SuAVE utiliza como arquivos de entrada, a localização das partículas de uma superfície ou
interface química, em formato PDB, oriunda de qualquer metodologia de simulação
molecular, determinística ou estocástica. É capaz de calcular, eficientemente, uma série de
propriedades relevantes para sistemas biológicos: área e volume por molécula, espessura de
membranas e vesículas, raio de giro e forma de vesículas e micelas, perfis de densidade,
parâmetros de ordem de curvatura, e curvaturas Gaussianas. A exatidão da metodologia
numérica implementada no SuAVE para avaliar as propriedades mencionadas foi testada e
validada através da análise estrutural de quatro bicamadas de diferentes quimiotipos de
Lipídio A, apresentando morfologias distintas e de uma vesícula de Lipídio A. O resultado
dessas análises foi comparado com o obtido através de metodologias convencionais que não
levam em consideração a curvatura das interfaces químicas. Para o caso das superfícies
abertas, as bicamadas, foi possível verificar que os resultados apresentados pelo SuAVE
guardam elevado nível de semelhança com os obtidos pelas metodologias convencionais,
quando os sistemas analisados exibem uma conformação plana. Entretanto, para os sistemas
apresentando regiões altamente curvadas em sua morfologia, os resultados foram
sensivelmente diferentes, alertando para a influência da conformação das membranas lipídicas
sobre suas propriedades estruturais. Na avaliação estrutural da vesícula, as análises realizadas
mostraram como a metodologia implementada no SuAVE é capaz de auxiliar o correto
entendimento acerca das mudanças morfológicas que esta estrutura sofre ao longo da
simulação. Portanto, por ser capaz de levar em consideração a morfologia das interfaces
químicas em estudo, o SuAVE demonstrou maior versatilidade e acurácia para lidar com uma
ampla variedade de análises estruturais para qualquer tipo de superfície ou interface química.

MEMBROS DA BANCA:
Externo à Instituição - LEANDRO MARTINEZ - UNICAMP
Externo à Instituição - CRISTIANO LUIS PINTO DE OLIVEIRA - USP
Interno - 2378298 - FILIPE DA SILVA LIMA
Interno - 1134371 - RICARDO LUIZ LONGO
Presidente - 1208271 - THEREZA AMELIA SOARES DA SILVA