Evidências mostraram que os pacientes recuperados da COVID-19 ainda apresentam alta concentrações de citocinas e quimiocinas inflamatórias. Por outro lado, sabe-se que o exercício físico, que inclui o controle da frequência, intensidade, duração e pela supervisão de um profissional, pode trazer muitos benefícios para a saúde, por ser um potente regulador do sistema imunológico. Face ao confinamento e isolamento social ou internamento dos doentes com COVID-19, a população tornou-se sedentária ou optou pelo exercício físico em casa, assumindo a garantia dos efeitos benéficos do exercício físico e reduzindo a exposição ao SARS-CoV-2. Investigar os efeitos de um protocolo de exercício supervisionado e um protocolo de exercício não supervisionado em casa sobre as concentrações séricas de quimiocinas e citocinas em pacientes com alta hospitalar da COVID-19. Este estudo foi um ensaio clínico prospectivo, paralelo e de dois braços. Os participantes foram submetidos a um protocolo de exercício supervisionado no Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Pernambuco ou ao protocolo de exercício físico não supervisionado baseado em casa por 12 semanas, três vezes por semana e em dias não consecutivos. Foram analisadas as concentrações séricas de quimiocinas e citocinas. Vinte e quatro participantes com três meses de alta hospitalar da COVID-19 moderada a grave concluíram os protocolos de intervenção deste estudo. As concentrações de CXCL8/IL-8 (p = 0,04), CCL2/MCP-1 (p = 0,03) e IFN-γ (p = 0,004) diminuíram após 12 semanas de exercício físico supervisionado. Paralelamente, foi observado um aumento das concentrações séricas de IL-2 (p = 0,02), IL-6 (p = 0,03), IL-4 (p = 0,006) e IL-10 (p = 0,04) após o protocolo supervisionado em comparação com as concentrações no momento pré-intervenção. Nenhuma diferença significativa foi encontrada em todas as quimiocinas e citocinas após 12 semanas do protocolo de exercícios não supervisionados em casa. O protocolo de exercício físico supervisionado foi capaz de modular os componentes inflamatórios periféricos, tais como citocinas e quimiocinas, de indivíduos com três meses de alta hospitalar da COVID-19. Portanto, sugere-se que o exercício supervisionado pode atenuar o processo inflamatório associado à COVID-19 e suas complicações.