Introdução: A pandemia por COVID-19 alterou drasticamente os comportamentos de movimento de 24 horas (C24h) em crianças, mas seus efeitos longitudinais sobre o risco cardiometabólico, especialmente em populações vulneráveis, permanecem pouco claros. Este estudo teve como objetivo analisar as mudanças na adesão às recomendações de C24h (atividade física, comportamento sedentário e sono) entre os períodos pré e pós-pandemia e sua associação com o índice de massa corporal (IMC) e a pressão arterial (PA) em escolares. Procedimentos Metodológicos: Realizou-se um estudo observacional longitudinal com 512 escolares (avaliados em 2018 e 2023) de uma região de alta vulnerabilidade social no Brasil. A atividade física, o tempo de tela e o sono foram avaliados por meio de questionários validados. O IMC e a PA foram medidos seguindo protocolos padronizados. Modelos de regressão logística binária foram utilizados para examinar as associações longitudinais entre as mudanças no cumprimento das recomendações e os desfechos cardiometabólicos. Resultados: Entre 2018 e 2023, observou-se uma redução drástica no cumprimento das recomendações de atividade física (de 55,27% para 22,07%; p < 0,001) e sono (de 75,39% para 30,08%; p < 0,001). Na análise longitudinal ajustada, os escolares que se tornaram inativos (OR = 1,47; IC 95%: 0,24–2,69) ou permaneceram inativos (OR = 1,39; IC 95%: 0,15–2,63) apresentaram maior chance de IMC elevado em 2023 em comparação com os persistentemente ativos. A deterioração dos hábitos de sono associou-se a uma maior chance de PA elevada (OR = 1,38; IC 95%: 0,74–2,58). Conclusão: A pandemia de COVID-19 deixou um legado negativo e duradouro nos comportamentos de movimento de escolares. A inatividade física emergiu como um preditor chave para o aumento da adiposidade, enquanto o sono inadequado se associou à elevação da pressão arterial. Estes achados evidenciam a necessidade urgente de intervenções de saúde pública para mitigar os impactos cardiometabólicos da pandemia em populações pediátricas vulneráveis.