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Dissertações |
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AMANDA MOREIRA GONÇALVES DE AGUIAR
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Análise do conteúdo de DNA mitocondrrial (mttDNA) e sua associação com resposta a fárrmacos em linhagens celulares de leucemia mieloide aguda
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Orientador : ANTONIO ROBERTO LUCENA DE ARAUJO
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MEMBROS DA BANCA :
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TERCILIO CALSA JUNIOR
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LORENA LOBO DE FIGUEIREDO PONTES
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RONALD FEITOSA PINHEIRO
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Data: 02/02/2024
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Além da heterogeneidade clínica e morfológica, o metabolismo celular pode variar
consideravelmente entre os diferentes tipos de leucemia mieloide aguda (LMA) e o
conteúdo do DNA mitocondrial (mtDNAc) pode representar uma ótima alternativa
para determinar o perfil metabólico (glicolítico ou fosforilativo) de uma célula, e com
isso, desenvolver estratégias terapêuticas a fim de se obter maiores taxa de
remissão. Neste trabalho, estabelecemos como principal objetivo avaliar o impacto
das variações fisiológicas e induzidas (depleção) do mtDNAc em células leucêmicas
frente ao tratamento in vitro com drogas indutoras de apoptose. Inicialmente, 47
amostras de medula óssea de pacientes adultos com LMA foram incubadas com
citarabina (100nM) durante 48h. Em paralelo, o mtDNAc de 11 diferentes amostras
foi depletado por meio de RNA de interferência e, subsequentemente, incubadas
com citarabina (100nM) por 48h. Todas as amostras foram obtidas ao diagnóstico.
Após incubação, nós observamos uma forte correlação entre alto mtDNAc e baixa
taxa de apoptose celular (Coeficiente de Pearson: r=-0,75, IC95%: -0,85 a -0,58).
Corroborando esses achados, a taxa de apoptose nos blastos após a depleção in
vitro do mtDNAc foi significativamente maior comparado ao controle (P<0,001). Com
base nesses achados, pretendemos incluir, além da citarabina, metotrexato,
venetoclax e metformina, e avaliar qual dessas drogas (analisadas separadamente
ou em combinação) seria mais eficiente para matar células leucêmicas com perfis
metabólicos distintos: metabolismo preferencialmente fosforilativo (MOLM13 e
MV411) e metabolismo preferencialmente glicolítico (HL-60, OCI-AML3)
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Além da heterogeneidade clínica e morfológica, o metabolismo celular pode variar
consideravelmente entre os diferentes tipos de leucemia mieloide aguda (LMA) e o
conteúdo do DNA mitocondrial (mtDNAc) pode representar uma ótima alternativa
para determinar o perfil metabólico (glicolítico ou fosforilativo) de uma célula, e com
isso, desenvolver estratégias terapêuticas a fim de se obter maiores taxa de
remissão. Neste trabalho, estabelecemos como principal objetivo avaliar o impacto
das variações fisiológicas e induzidas (depleção) do mtDNAc em células leucêmicas
frente ao tratamento in vitro com drogas indutoras de apoptose. Inicialmente, 47
amostras de medula óssea de pacientes adultos com LMA foram incubadas com
citarabina (100nM) durante 48h. Em paralelo, o mtDNAc de 11 diferentes amostras
foi depletado por meio de RNA de interferência e, subsequentemente, incubadas
com citarabina (100nM) por 48h. Todas as amostras foram obtidas ao diagnóstico.
Após incubação, nós observamos uma forte correlação entre alto mtDNAc e baixa
taxa de apoptose celular (Coeficiente de Pearson: r=-0,75, IC95%: -0,85 a -0,58).
Corroborando esses achados, a taxa de apoptose nos blastos após a depleção in
vitro do mtDNAc foi significativamente maior comparado ao controle (P<0,001). Com
base nesses achados, pretendemos incluir, além da citarabina, metotrexato,
venetoclax e metformina, e avaliar qual dessas drogas (analisadas separadamente
ou em combinação) seria mais eficiente para matar células leucêmicas com perfis
metabólicos distintos: metabolismo preferencialmente fosforilativo (MOLM13 e
MV411) e metabolismo preferencialmente glicolítico (HL-60, OCI-AML3)
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RAÍSSA NOGUEIRA BERNARDO
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INVESTIGAÇÃO DA ASSOCIAÇÃO DE POLIMORFISMOS NO GENE SELP E DOS NÍVEIS SÉRICOS DA sP-SELECTINA COM A MODULAÇÃO DO QUADRO CLÍNICO DE PACIENTES COM ANEMIA FALCIFORME
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Orientador : MARCOS ANDRE CAVALCANTI BEZERRA
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MEMBROS DA BANCA :
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BETANIA LUCENA DOMINGUES HATZLHOFER
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NEIDE SANTOS
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PEDRO LUIZ DE FRANCA NETO
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Data: 16/02/2024
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A anemia falciforme (AF) é caracterizada por um quadro hemolítico e inflamatório
crônico, além de oclusão de vasos da microcirculação. Uma importante molécula no
processo de adesão celular e de vaso-oclusão é a P-selectina. A P-selectina, exposta
na superfície endotelial, leva ao aumento da adesão de leucócitos e de hemácias
falcizadas, contribuindo para a vaso-oclusão. Polimorfismos no gene que codifica a
P-selectina (SELP) podem estar associados a um quadro clínico adverso nos
pacientes com AF. Assim, o objetivo deste trabalho é investigar a associação de
polimorfismos (rs1800805, rs6131 e rs6133) no gene SELP e os níveis séricos da P
selectina solúvel (sP-selectina) e associar com o quadro clínico de pacientes com AF.
Foram selecionados 327 pacientes com AF, com mediana de idade de 34 anos (18 -
63 anos), sendo 56,3% do sexo feminino e 43,7% do sexo masculino. Os
polimorfismos rs1800805 e rs6131 não se mostraram associados com a ocorrência
das complicações clínicas (P > 0,05), enquanto o genótipo GT do rs6133 foi associado
com maior frequência (P = 0,025) e incidência cumulativa de síndrome torácica aguda
(P = 0,037). Além disso, foram observados maiores níveis séricos de sP-selectina em
pacientes com AF durante a crise vaso-oclusiva quando comparado a controles em
estado basal (P < 0,0001). Esses resultados apontam para a importância da P
selectina no processo vaso-oclusivo e o potencial do polimorfismo SELP rs6133 como
um possível marcador molecular dos desfechos clínicos da doença.
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A anemia falciforme (AF) é uma doença hereditária caracterizada por um quadro hemolítico e inflamatório crônico. O aumento da liberação de citocinas pro- inflamatórias e a adesão celular ao endotélio vascular contribuem para a oclusão de vasos na microcirculação e subsequente dano aos tecidos, culminando em dor e outras complicações que variam entre os pacientes. Uma importante molécula no processo de adesão celular e de vaso-oclusão é a P-selectina. Como resultado da inflamação e da hipóxia, a P-selectina, exposta na superfície endotelial, leva ao aumento da adesão de leucócitos e de hemácias falcizadas, contribuindo para a vaso-oclusão. Dada a sua importância para a AF, é provável que polimorfismos no gene que codifica a P-selectina (SELP) podem estar associados a um quadro clínico adverso nos pacientes com AF. Assim, o objetivo deste trabalho é investigar a associação de polimorfismos no gene SELP e os níveis plasmáticos da P-selectina solúvel (sP-selectina) e correlacionar com o quadro clínico de pacientes com AF acompanhados na Fundação HEMOPE. Foram selecionados para o estudo 300 pacientes com AF com acompanhamento regular, maiores de 18 anos. Os perfis clínicos e laboratoriais dos pacientes foram obtidos a partir dos prontuários médicos. Os polimorfismos do gene SELP, −1969G/A (rs1800805), G1057A Ser290Asn (rs6131) e G1980T Leu599Val (rs6133), foram genotipados utilizando sondas TaqMan®, e a dosagem da sP-selectina foi realizada pela técnica de ELISA. O gene SELP figura como um importante marcador molecular dos desfechos clínicos da doença. Neste trabalho, demonstramos pela primeira vez a associação dos SNPs de SELP rs6133 e rs1800805.
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MARCOS VINÍCIUS COSME
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CALCOGENETOS DE PRATA E ÍNDIO FUNCIONALIZADOS COM SULFETO DE ZINCO (ZnS) E SULFETO DE BISMUTO (Bi2S3): ANÁLISE DA CITOTOXICIDADE E GENOTOXICIDADE IN VITRO
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Orientador : ANA CHRISTINA BRASILEIRO VIDAL
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MEMBROS DA BANCA :
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JACIANA DOS SANTOS AGUIAR
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NEIDE SANTOS
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NIÉDJA FITTIPALDI VASCONCELOS
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Data: 28/02/2024
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Quantum Dots (QDs) são nanoestruturas reconhecidas por suas propriedades ópticas, estruturais e baixa toxicidade. Atualmente, são aplicados para biodetecção, bioimagem e nanomedicina teranóstica. Entretanto, faz-se necessário investigar seus possíveis efeitos adversos aos organismos. O presente trabalho visou caracterizar fisico-quimicamente e avaliar a atividade citotóxica e genotóxica in vitro de nanocristais calcogenetos de prata e índio, funcionalizados ou não com sulfeto de zinco (ZnS) e sulfeto de bismuto (Bi2S3). Para as caracterizações foram utilizadas técnicas de espectroscopia UV-Vis, difratometria de raios-X, potencial zeta e microscopia eletrônica. Adicionalmente, os testes de MTT (3,9 a 125 µg/mL) e de micronúcleo com bloqueio de citocinese (CBMN) (15,62 a 125 µg/mL) foram utilizados para avaliar a ação citotóxica e genotóxica, respectivamente, usando células normais (Vero E6). Os resultados de caracterização forneceram orientações valiosas para otimizar a síntese e explorar propriedades fundamentais dos nanocristais. No âmbito da citotoxicidade, os sulfetos de prata e índio, especialmente AIS e AISe, funcionalizados ou não por ZnS, mostraram-se promissores, mantendo a viabilidade celular ≥ 80% após 24 horas. O Bi2S3, por sua vez, apresentou ausência de citotoxicidade após 24 h e baixa citotoxicidade após 48 h apenas nas concentrações igual ou acima de 15,62 µg/mL. O CBMN revelou genotoxicidade para o Bi2S3 apenas na maior concentração (125 µg/mL). Os resultados indicam potencial para os materiais destacados no desenvolvimento de materiais inovadores em futuras aplicações em biomedicina.
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Quantum Dots (QDs) são nanoestruturas com composição modulada, conhecidas por
suas propriedades ópticas, estruturais e baixa toxicidade. Atualmente, são explorados
como transportadores de biomoléculas, biodetecção, bioimagem e na nanomedicina
teranóstica. Entretanto, se faz necessário investigar seus possíveis efeitos adversos
aos organismos. O presente trabalho visou caracterizar fisico-quimicamente diferentes
QDs recoberto ou não com sulfeto de zinco (@ZnS), incluindo AIS, AIS@ZnS, AISe,
AISe@ZnS, AITe, AITe@ZnS e Bi3S2, bem como seu potencial citotóxico e
antiproliferativo in vitro. Para tal, foram utilizadas as linhagens normal (Vero E6) e
tumorais Hela, HT29, A549 e MDA-MB-231, usando teste MTT. Os resultados
demontraram que a recobertura com @ZnS influenciou na estrutura e nas
propriedades ópticas dos QDs. Em relação ao potencial citotóxico, a maioria das
concentrações apresentou viabilidade ≥ 80% nas linhagens estudadas. O AISe@ZnS,
AITe e AITe@ZnS reduziram a viabilidade da linhagem normal, enquanto AISe@ZnS
não reduziu significativamente. Por outro lado, AITe e AITe@ZnS apresentaram
reduções significativas na viabilidade celular nas concentrações de 3,9 a 7,81 μg/mL
(62,28 a 65,40%) e 125 μg/mL (63,66%), respectivamente. O Bi3S2 demonstrou
citotoxicidade significativa apenas em 3,9 μg/mL na linhagem HT29 (62,12%). Em
suma, o presente estudo revela ausência de citotoxicidade in vitro para AIS, AISe,
AISe@ZnS e Bi3S2 sobre as células normais Vero, indicando seus potenciais usos
para aplicações biomédicas. Adicionalmente, o Bi3S2 mostra uma leve ação
antiprioliferativa contra a linhagem HT29 em sua concentração mais baixa.
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OSMAR DOS REIS FILHO
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ESTRUTURA POPULACIONAL E FILOGEOGRAFIA DE Philodryas olfersii NO NORDESTE BRASILEIRO
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Orientador : MARCO JACINTO KATZENBERGER BAPTISTA NOVO
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MEMBROS DA BANCA :
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TAMÍ MOTT
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VALDIR DE QUEIROZ BALBINO
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VALESCA PANDOLFI
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Data: 28/02/2024
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Os eventos macroecológicos passados no Nordeste brasileiro, como os ciclos glaciais e interglaciais no Pleistoceno e a formação da Diagonal Seca, moldaram a estrutura genética exibida por populações atuais nas diferentes escalas espaciais. Os répteis são excelentes modelos de estudos filogeográficos devido a sua ecologia e fisiologia. A espécie Philodryas olfersii, é uma serpente semi-arborícola que se distribui amplamente na América do Sul. Nosso principal objetivo foi avaliar a estruturação populacional existente em P. olfersii, determinando quais fatores estão influenciando sua distribuição genética. O DNA de indivíduos dos estados de Pernambuco, Paraíba, Alagoas e Rio Grande do Norte, foi extraído e submetido ao processo de PCR para os marcadores moleculares 16S, ND4 e COI. A diferenciação genética foi inferida pela AMOVA e valores de FST e a estruturação populacional foi realizada pelo pacote Geneland no software R. Ao todo foram utilizadas 17 amostras de 16S, 9 amostras de ND4 e 20 de COI. Os resultados da AMOVA destacara que existe mais diferenciação genética dentro das populações do que entre elas. Os valores de FST indicaram que existem populações geneticamente bem distintas, enquanto outras são mais similares. O Geneland recuperou a existência de populações genéticas bem definidas, sendo uma na região mais sul agrupando Alagoas, sul de Pernambuco e Piauí, outro cluster agrupando a Região Metropolitana de Recife e Paraíba, e outro mais ao norte com as amostras do Rio Grande do Norte.
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Os eventos macroecológicos passados no Nordeste brasileiro, como os ciclos glaciais e interglaciais no Pleistoceno e a formação da Diagonal Seca, moldaram a estrutura genética exibida por populações atuais nas diferentes escalas espaciais. Os répteis são excelentes modelos de estudos filogeográficos devido a sua ecologia e fisiologia. A espécie Philodryas olfersii, é uma serpente semi-arborícola que se distribui amplamente na América do Sul. Nosso principal objetivo foi avaliar a estruturação populacional existente em P. olfersii, determinando quais fatores estão influenciando sua distribuição genética. O DNA de indivíduos dos estados de Pernambuco, Paraíba, Alagoas e Rio Grande do Norte, foi extraído e submetido ao processo de PCR para os marcadores moleculares 16S, ND4 e COI. A diferenciação genética foi inferida pela AMOVA e valores de FST e a estruturação populacional foi realizada pelo pacote Geneland no software R. Ao todo foram utilizadas 17 amostras de 16S, 9 amostras de ND4 e 20 de COI. Os resultados da AMOVA destacara que existe mais diferenciação genética dentro das populações do que entre elas. Os valores de FST indicaram que existem populações geneticamente bem distintas, enquanto outras são mais similares. O Geneland recuperou a existência de populações genéticas bem definidas, sendo uma na região mais sul agrupando Alagoas, sul de Pernambuco e Piauí, outro cluster agrupando a Região Metropolitana de Recife e Paraíba, e outro mais ao norte com as amostras do Rio Grande do Norte.
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BRAZILIANO MIGUEL DA SILVA JÚNIOR
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Avaliação da Expressão Diferencial dos Genes Mediados Pela Via Inflamatória do MYD88 na Resposta Terapêutica de Pacientes com Nefrite Lúpica
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Orientador : PAULA SANDRIN GARCIA
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MEMBROS DA BANCA :
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DENISE MARIA DO NASCIMENTO COSTA
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JAQUELINE DE AZEVEDO SILVA
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PAULA SANDRIN GARCIA
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WLISSES HENRIQUE VELOSO DE CARVALHO DA SILVA
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Data: 28/02/2024
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A Nefrite Lúpica (NL) é uma das manifestações clínicas mais graves do Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES), podendo atingir cerca de 60% dos pacientes. Diferentes vias inflamatórias estão relacionadas à sua patogênese, como a sinalização mediada pelo complexo Myddosoma. Essa via resulta na produção de citocinas pró inflamatórias que contribuem para patogênese da doença. Nesse sentido, o nosso estudo avaliou a expressão de genes da via mediada pelo Myddosoma em relação à resposta ao tratamento imunossupressor para a NL. Vinte e dois pacientes com NL foram acompanhados durante 12 meses, com coletas nos tempos 0, 6 e 12 meses. Os pacientes foram classificados em responsivos (17) e não responsivos (5), e quanto ao prognóstico em resposta precoce (n=14) e não precoce (n=8). Os ensaios de expressão gênica foram realizados para os genes MYD88, TRAF6, IRAK3 e NFKB1, utilizando os genes de referência RPLP0 e EF1A. A análise de expressão relativa do grupo respondedor mostrou uma redução nos níveis de mRNA de TRAF6 (p=0,0035), bem como redução dos níveis séricos de IL-1β (p=0,0282). Ademais, o grupo com resposta precoce mostrou redução nos níveis de mRNA de MYD88 (0,0460), TRAF6 (p=0,0041) e NFKB1 (p=0,0498). Adicionalmente, o grupo com resposta precoce apresentou redução dos níveis de IL-1β (p=0,0446) e IL-8 (p=0,0080). Os nossos dados corroboram com a hipótese de redução da inflamação em pacientes responsivos e com resposta precoce ao tratamento imunossupressor para NL.
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A Nefrite Lúpica (NL) é uma das manifestações clínicas mais graves do Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES) atingindo cerca de 60% dos pacientes. Diferentes vias inflamatórias estão relacionadas ao desenvolvimento e agravamento da NL. Dentre essas vias, destaca-se a sinalização mediada pelo complexo Myddosoma que resulta na produção de citocinas pró inflamatórias envolvidas na patogênese da doença. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo avaliar a expressão dos genes MYD88, IRAK3, TRAF6 e NFKB1, envolvidos nessa via de sinalização a fim de averiguar sua relação com a NL. Os ensaios de expressão gênica foram realizados em amostras de mRNA de 10 indivíduos acompanhados em terapia durante o período de um ano, utilizando sondas de expressão gênica Taqman® (Thermo Fisher Scientific, MA, USA) para os genes alvo TRAF6 e NFKB1 e genes de referência RPLP0 e EF1A. Ademais, coletamos dados clínicos e laboratoriais para a caracterização desses pacientes para comparação com a expressão gênica e resposta ao tratamento. Nossos resultados permitiram observar uma redução progressiva da expressão de TRAF6 (Tempo inicial e 12 meses p = 0,0273) e NFKB1 (Tempo inicial e 12 meses p = 0,8457) ao longo do tratamento terapêutico. Em relação aos dados clínicos e laboratoriais observamos diminuição progressiva nos níveis de creatinina sérica, proteinúria de 24 horas e aumento da taxa de filtração glomerular estimada, albumina sérica e das proteínas do complemento C3 e C4. Concluímos que o nível de expressão dos genes TRAF6 e NFKB1 reduziu progressivamente ao longo do tratamento imunossupressor para a NL.
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NATERCIA CORRÊA DE ARAÚJO
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ANÁLISE DA TOXICIDADE, CITOTOXICIDADE E GENOTOXICIDADE DE EFLUENTES DA ESTAÇÃO DE TRATAMENTO DE ESGOTO MULTIFABRIL MEDIANTE SISTEMA-TESTE Allium cepa L.
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Orientador : ANA CHRISTINA BRASILEIRO VIDAL
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MEMBROS DA BANCA :
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ANA CHRISTINA BRASILEIRO VIDAL
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FABRICIO MOTTERAN
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TERCILIO CALSA JUNIOR
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ÍCARO FILLIPE DE ARAÚJO CASTRO
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Data: 29/02/2024
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Os tratamentos das águas residuárias são de suma importância para melhoria dos
efluentes lançados no meio ambiente. A toxicidade da água pode afetar
diretamente os seres vivos em nível celular e genético. A Estação de Tratamento
de Efluentes Multifabril localizado na região metropolitana do Recife recebe
efluentes de 14 indústrias de diferentes setores, cujo tratamento consiste em três
lagoas sequenciais. O trabalho visou avaliar o comportamento físico-químico das
lagoas da ETE Multifabril, bem como sua toxicidade, citotoxicidade e
genotoxicidade mediante sistema-teste Allium cepa. Análises mostraram valores
de Matéria Orgânica (DQO e DBO filtradas) do afluente de 1301,8 e 225 mg O2/L,
enquanto, ao final da terceira lagoa, foram de 250,7 e 150 mg O2/L,
respectivamente, indicando solubilização da matéria orgânica em suspensão. As
amostras das três lagoas apresentaram toxicidade em relação à precocidade da
germinação das sementes quando comparada ao controle negativo (CN),
observando-se uma redução da toxicidade na lagoa 3. Não houve citotoxicidade
na entrada do sistema. Contudo, houve aumento significativo da citotoxicidade
nas amostras das três lagoas, em relação ao CN, variando de 9,83% (lagoa 1) a
11,44% (lagoa 3). Na genotoxicidade, as três lagoas apresentaram aumento
significativo de alterações cromossômicas, variando de 1,60%, na lagoa 1 a
2,20% na lagoa 3, em relação a CN (0,62%). Os resultados indicam, que apesar
da melhoria dos aspectos físico-químicos e da toxicidade ao final do processo de
tratamento da ETE Multifabril, onde houve um aumento da concentração de
matéria orgânica biodegradável, os efluentes mantêm a citotoxicidade e
genotoxicidade provavelmente devido à presença de subprodutos da
biodegradação.
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Os tratamentos de esgoto são de suma importância para melhoria dos efluentes lançados no meio ambiente. A toxicidade da água pode afetar diretamente os seres vivos em diferentes níveis, incluindo nível celular e genético. A ETE Multifabril da Compesa recebe efluentes de 14 indústrias de diferentes setores, cujo tratamento biológico consiste em três lagoas sequenciais. O trabalho visou avaliar o comportamento físico-químico das lagoas da ETE Multifabril, a partir da toxicidade e a citogenotoxicidade dos efluentes, mediante sistema-teste Allium cepa. Análises mostraram valores de DQO e DBO filtradas do afluente de 1398,40 e 50 mg O2/L, enquanto, ao final da terceira lagoa, foram de 363,40 e 150 mg O2/L, respectivamente, indicando solubilização da matéria orgânica em suspensão. As amostras das três lagoas apresentaram toxicidade em relação à precocidade da germinação das sementes quando comparada ao controle negativo (CN). Não houve citotoxicidade na entrada do sistema. Contudo, houve aumento significativo da citotoxicidade nas amostras das três lagoas, em relação ao CN, variando de 9,83% (lagoa 1) a 11,44% (lagoa 3). Na genotoxicidade, as três lagoas apresentaram aumento significativo do índice de alterações cromossômicas, variando de 1,60%, na saída da lagoa 1 a 2,20% na lagoa 3, em relação a CN (0,62%). Os resultados indicam, que apesar da melhoria dos aspectos físico-químicos ao final do processo de tratamento da ETE Multifabril, os efluentes mantêm a citogenotoxicidade.
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BRUNA VASCONCELOS DE ALCANTARA
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IMPACTO CLÍNICO DA EXPRESSÃO DO GENE ID1 NA LEUCEMIA PROMIELOCÍTICA AGUDA
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Orientador : ANTONIO ROBERTO LUCENA DE ARAUJO
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MEMBROS DA BANCA :
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ANTONIO CARLOS DE FREITAS
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BETANIA LUCENA DOMINGUES HATZLHOFER
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DIEGO ANTONIO PEREIRA MARTINS
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Data: 29/02/2024
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O inibidor de ligação ao DNA 1 (ID1) tem sido frequentemente associado com início e progressão de diversos tumores humanos. Na leucemia mieloide aguda, um crescente número de evidências sugere que a alta expressão desse gene pode afetar tanto a leucemogênese quanto o prognóstico dos pacientes. No entanto, pouco se sabe sobre o seu papel na leucemia promielocítica aguda (LPA), uma doença que, embora tenha um prognóstico favorável, um número significativo de pacientes ainda sofre recaída quando tratados com ácido all-trans retinóico (ATRA) e quimioterapia. Nosso trabalho investigou a importância clínica da expressão aberrante do gene ID1 em 226 amostras de medula óssea de pacientes com LPA tratados com ATRA e quimioterapia. Pacientes com alta expressão de ID1 tiveram uma menor sobrevida global (SG) (41%, intervalo de confiança, IC 95%: 28–54%), quando comparados aos pacientes com baixa expressão de ID1 (83%, IC 95%: 76–89%) (P<0,001). De forma semelhante, pacientes de alto risco (ou seja, aqueles com contagem de leucócitos >10×109/L) com alta expressão de ID1 apresentaram uma taxa de SG significativamente menor (23%, IC 95%: 8–42) do que aqueles com baixa expressão de ID1 (62%, IC 95%: 45–75) (P=0,0047). Deste modo, concluímos que a expressão aberrante do ID1 tem impacto prognóstico na LPA, pelo menos quando o tratamento é à base de ATRA e quimioterapia. Além disso, esses resultados podem ser úteis para refinar a estratificação de risco de acordo com o perfil molecular do paciente.
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Apesar da expressão aberrante do inibidor do gene de ligação ao DNA 1 (ID1) ter
sido anteriormente associada à leucemogênese e mau prognóstico na leucemia
mieloide aguda, pouco se sabe sobre seu papel na leucemia promielocítica aguda
(LPA). Utilizando reação em cadeia da polimerase em tempo real quantitativa,
quantificamos retrospectivamente os transcritos do gene ID1 em 226 amostras de
medula óssea de pacientes com LPA tratados homogeneamente com ácido all-trans
retinóico (ATRA) e quimioterapia. O acompanhamento médio dos pacientes foi de 39
meses (intervalo de confiança de 95%, IC: 36-43 meses), com taxa de sobrevida
global (SG) estimada em 5 anos de 74% (IC 95%: 68-80%). Pacientes com alta
expressão de ID1 tiveram uma SG estimada em 5 anos menor (41%, IC 95%: 28-
54%) quando comparados com os pacientes com baixa expressão de ID1 (83%, IC
95%: 76-89%) (p <0,001). Esse resultado foi consistente com a análise de riscos
proporcionais de Cox (risco proporcional [do inglês, hazard ratio, HR]: 2,95, IC 95%:
1,63-5.28; p <0,001). Considerando apenas os pacientes que alcançaram remissão
completa (82%), a taxa estimada de sobrevida livre de doença (SLD) em 5 anos foi
de 84% (IC 95%: 78-90%). Pacientes com alta expressão de ID1 apresentaram SLD
em 5 anos significativamente mais baixa (74%, IC 95%: 55-85%) em comparação
com pacientes com baixa expressão de ID1 (86%, IC 95%: 78-92%) (p = 0,031). No
entanto, essa diferença não foi consistente com a análise multivariada (HR: 1,23, IC
95%: 0,46-3,26; p=0,67). Além disso, a expressão aberrante de ID1 foi capaz de
sub-estratificar os pacientes com doença de alto risco (ou seja, aqueles com
contagem inicial de leucócitos >10×109 /L), ou seja, pacientes de alto risco com alta
expressão de ID1 tiveram uma taxa de SG estimada em 5 anos menor (23%, IC
95%: 8–42) do que àqueles com baixa expressão de ID1 (62%, IC 95%: 45-75)
(p=0,0047). A expressão de ID1 manteve seu valor prognóstico na análise
multivariada (HR: 2,1, IC 95%: 1,2–4.1; p=0,04). Assim, concluímos que a expressão
aberrante do ID1 tem impacto prognóstico na LPA, pelo menos quando o tratamento
é a base de ATRA+quimioterapia, e pode ser útil para refinar a estratificação de risco
dos pacientes, embora esses resultados ainda precisem ser confirmados em coortes
independentes.
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ANA CAROLINA BRANCO NEVES SILVA
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Variantes Patogênicas em Genes de Alta Penetrância em Predisposição ao Câncer de Mama Hereditário
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Orientador : VALDIR DE QUEIROZ BALBINO
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MEMBROS DA BANCA :
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MARCOS ANDRE CAVALCANTI BEZERRA
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MICHELLY CRISTINY PEREIRA
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VALDIR DE QUEIROZ BALBINO
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WILSON JOSÉ DA SILVA JÚNIOR
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Data: 26/03/2024
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O câncer de mama hereditário, vinculado a variantes patogênicas em genes de alta penetrância representa cerca de 5-10% dos casos. Este estudo buscou analisar esses genes, proporcionando uma visão atualizada sobre o tema. A revisão envolveu 3103 artigos, priorizando a origem das publicações. Foi realizada uma análise detalhada das variantes patogênicas e provavelmente patogênicas no ClinVar em BRCA1, BRCA2, CDH1, PALB2, PTEN, STK11 e TP53, selecionadas pelas associações com o maior número de condições clínicas. Observou-se uma frequência elevada de publicações nos países do Hemisfério Norte, em detrimento da África e América Latina. Em todos os genes estudados, variantes com conflitos de classificações foram identificadas. As variantes em BRCA1 e BRCA2, como c.5153-2del e c.1909+1G>A, destacaram-se. CDH1 apresentou a variante c.1901C>T como mutação fundadora em Portugal. Em PALB2, a variante c.757_758del foi prevalente em populações miscigenadas. PTEN exibiu as variantes c.209+1G>A e c.634+5G>A, predominantes em populações europeias finlandesas e americanas miscigenadas. STK11 destacou as variantes c.290+1G>A, c.464+1G>T e c.719C>A, com maiores frequências alélicas em populações afroamericanas, europeias e sul-asiáticas. Em TP53, a variante c.799C>T foi associada a múltiplas condições, predominando em populações sul-asiáticas e europeias. No geral, este estudo demonstrou a importância de uma atualização do conhecimento relacionado aos genes de alta penetrância envolvidos no câncer de mama hereditário.
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O câncer de mama hereditário, vinculado a variantes patogênicas em genes de alta penetrância representa cerca de 5-10% dos casos. Este estudo buscou analisar esses genes, proporcionando uma visão atualizada sobre o tema. A revisão envolveu 3103 artigos, priorizando a origem das publicações. Foi realizada uma análise detalhada das variantes patogênicas e provavelmente patogênicas no ClinVar em BRCA1, BRCA2, CDH1, PALB2, PTEN, STK11 e TP53, selecionadas pelas associações com o maior número de condições clínicas. Observou-se uma frequência elevada de publicações nos países do Hemisfério Norte, em detrimento da África e América Latina. Em todos os genes estudados, variantes com conflitos de classificações foram identificadas. As variantes em BRCA1 e BRCA2, como c.5153-2del e c.1909+1G>A, destacaram-se. CDH1 apresentou a variante c.1901C>T como mutação fundadora em Portugal. Em PALB2, a variante c.757_758del foi prevalente em populações miscigenadas. PTEN exibiu as variantes c.209+1G>A e c.634+5G>A, predominantes em populações europeias finlandesas e americanas miscigenadas. STK11 destacou as variantes c.290+1G>A, c.464+1G>T e c.719C>A, com maiores frequências alélicas em populações afroamericanas, europeias e sul-asiáticas. Em TP53, a variante c.799C>T foi associada a múltiplas condições, predominando em populações sulasiáticas e europeias. No geral, este estudo demonstrou a importância de uma atualização do conhecimento relacionado aos genes de alta penetrância envolvidos no câncer de mama hereditário.
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GEÓRGIA FERNANDA DE OLIVEIRA
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Investigação Molecular de PBMAH Familiar Sem Causa Genética Esclarecida
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Orientador : MARCOS ANDRE CAVALCANTI BEZERRA
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MEMBROS DA BANCA :
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JUAN LUIZ COELHO DA SILVA
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VALDIR DE QUEIROZ BALBINO
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WILSON JOSÉ DA SILVA JÚNIOR
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Data: 26/03/2024
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A hiperplasia adrenal macronodular bilateral primária (PBMAH) é um subtipo raro da Síndrome de Cushing (SC) caracterizado pelo surgimento de macronódulos adrenais bilaterais com mais de 10 mm de diâmetro. Sua variabilidade fenotípica e a presença de SC subclínica - ausência de fenótipo característico de hipercortisolismo - sugerem que a prevalência de PBMAH familiar é subestimada, principalmente devido às dificuldades do seu diagnóstico. Neste estudo, foi utilizado o Sequenciamento do Genoma Completo (WGS) para investigar possíveis fatores genéticos em uma família com PBMAH e negativos para variantes patogênicas no gene ARMC5 (principal gene associado a casos familiares da doença). O WGS oferece um panorama detalhado de diversos tipos de alterações genéticas e embora represente um maior custo inicial, reduz a necessidade de processamentos subsequentes com outras técnicas. Isso não apenas agiliza o diagnóstico como também minimiza manipulações das amostras, diminuindo os riscos associados. A análise dos dados de sequenciamento revelou que a baixa qualidade do material e limitações da técnica de Repli-g comprometeram significativamente a precisão dos resultados. Apesar dessas limitações, foi realizada uma avaliação criteriosa dos dados de sequenciamento obtidos, utilizando ferramentas de análise de dados genéticos. Com isso, foi possível levantar pontos relevantes de discussão sobre o presente estudo, incluindo a escolha de metodologias de bancada, manipulação de amostras e verificação dos dados de sequenciamento.
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A hiperplasia adrenal macronodular bilateral primária (PBMAH) é um subtipo raro da Síndrome de Cushing (SC) caracterizado pelo surgimento de macronódulos adrenais bilaterais com mais de 10 mm de diâmetro. Sua variabilidade fenotípica e a presença de SC subclínica - ausência de fenótipo característico de hipercortisolismo - sugerem que a prevalência de PBMAH familiar é subestimada, principalmente devido às dificuldades do seu diagnóstico. Neste estudo, foi utilizado o Sequenciamento do Genoma Completo (WGS) para investigar possíveis fatores genéticos em uma família com PBMAH e negativos para variantes patogênicas no gene ARMC5 (principal gene associado a casos familiares da doença). O WGS oferece um panorama detalhado de diversos tipos de alterações genéticas e embora represente um maior custo inicial, reduz a necessidade de processamentos subsequentes com outras técnicas. Isso não apenas agiliza o diagnóstico como também minimiza manipulações das amostras, diminuindo os riscos associados. A análise dos dados de sequenciamento revelou que a baixa qualidade do material e limitações da técnica de Repli-g comprometeram significativamente a precisão dos resultados. Apesar dessas limitações, foi realizada uma avaliação criteriosa dos dados de sequenciamento obtidos, utilizando ferramentas de análise de dados genéticos. Com isso, foi possível levantar pontos relevantes de discussão sobre o presente estudo, incluindo a escolha de metodologias de bancada, manipulação de amostras e verificação dos dados de sequenciamento.
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MADSON ALLAN DE LUNA ARAGAO
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AMP-IDENTIFIER: UMA FERRAMENTA BASEADA EM APRENDIZADO DE MÁQUINA CAPAZ DE IDENTIFICAR SEQUÊNCIAS DE PEPTÍDEOS ANTIMICROBIANOS EM DADOS GENÔMICOS
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Orientador : ANA MARIA BENKO ISEPPON
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MEMBROS DA BANCA :
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JOSÉ RIBAMAR COSTA FERREIRA NETO
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MANASSES DANIEL DA SILVA
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VALESCA PANDOLFI
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Data: 26/07/2024
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Peptídeos antimicrobianos (AMPs, do inglês Antimicrobial Peptides) são moléculas
chave na defesa de diversos organismos na luta contra patógenos. Este estudo
explorou os potenciais na identificação e caracterização de AMPs em dados
genômicos e transcriptômicos, sendo divido em dois capítulos. No capítulo I, explorou-
se a identificação de assinaturas moleculares de AMPs e no desenvolvimento de uma
ferramenta, o AMP-Identifier, baseada em modelos de aprendizado de máquina para
análise e prospecção dessas moléculas em dados genômicos. Para tal, modelos de
aprendizado de máquina (SVM, KNN, Random Forest, Árvore de Decisão, Naive
Bayes e Redes Neurais) foram treinados com dados previamente rotulados com
dados físico-químicos. Os resultados obtidos sugerem eficácia na classificação de
AMPs com destaque para os modelos baseados em Redes Neurais (acurácia = 90%
e precisão = 92%) e SVM (acurácia = 90% e precisão = 88%). Esses resultados abrem
novas vias para a prospecção de novas biomoléculas em dados ômicos ainda não
explorados. No capítulo II, cinco novas defensinas (RcDef1-5) foram identificadas no
genoma de R. communis e caracterizadas por meio de ferramentas de bioinformática,
análises físico-químicas e modelagem molecular. As RcDef apresentaram
características típicas de AMPs, como carga líquida positiva e baixo peso molecular.
A análise transcriptômica revelou a expressão de quatro defensinas e a presença de
múltiplas isoformas. A RcDef1 demonstrou expressão diferencial em resposta a
diferentes estresses, sendo reprimida por salinidade e induzida por infecção fúngica e
injúria. A modelagem molecular dos homodímeros de RcDef revelou estruturas
catiônicas em pinça, possivelmente envolvidas na interação com alvos moleculares
de patógenos. De forma geral, este estudo em sua essência contribui para a
descoberta de novos AMPs e para a compreensão de seu papel, especialmente na
defesa de plantas, com potencial aplicação no desenvolvimento de novas estratégias
para controle de doenças e desenvolvimento de antimicrobianos, além de propor
novas abordagens para a exploração de biomoléculas em dados genômicos.
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Peptídeos antimicrobianos (AMPs, do inglês Antimicrobial Peptides) são moléculas chave na defesa de diversos organismos na luta contra patógenos. Este estudo explorou os potenciais na identificação e caracterização de AMPs em dados genômicos e transcriptômicos, sendo dividido em duas diferentes abordagens. Na primeira, explorou-se a identificação de assinaturas moleculares de AMPs e no desenvolvimento de uma ferramenta, o AMP-Identifier, baseada em modelos de aprendizado de máquina para análise e prospecção dessas moléculas em dados genômicos. Para tal, modelos de aprendizado de máquina (SVM, KNN, Random Forest, Árvore de Decisão, Naive Bayes e Redes Neurais) foram treinados com dados previamente rotulados com dados físico-químicos. Os resultados obtidos sugerem eficácia na discriminação de sequências de defensinas vegetais em dados genômicos, abrindo novas vias para a prospecção de novas biomoléculas em dados ômicos ainda não explorados. Na segunda, cinco novas defensinas (RcDef1-5) foram identificadas no genoma de R. communis, e caracterizadas por meio de ferramentas de bioinformática, análises físico-químicas e modelagem molecular. Todas as defensinas pertencem à família das gama-tioninas e apresentam características típicas de AMPs, como carga líquida positiva, baixo peso molecular e localização extracelular, exceto a RcDef5, que foi predita no cloroplasto. A análise transcriptômica revelou a expressão de quatro defensinas (RcDef1, RcDef2, RcDef4 e RcDef5) e a presença de múltiplas isoformas para RcDef1, RcDef2 e RcDef5. A RcDef1 foi a única defensina que apresentou expressão diferencial em resposta a diferentes estresses, sendo reprimida sob estresse salino e induzida por infecção fúngica e injúria. A modelagem molecular dos homodímeros de RcDef1-4 revelou a formação de estruturas catiônicas em pinça, possivelmente envolvidas na interação com alvos moleculares aniônicos de patógenos, como membranas bacterianas. Este estudo contribui para a descoberta de novos AMPs e para a compreensão de seu papel na defesa de plantas, com potencial aplicação no desenvolvimento de novas estratégias para controle de doenças e desenvolvimento de antimicrobianos, além de propor novas abordagens para a exploração de biomoléculas em dados genômicos.
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LUDMILA DUDA VICENTE FERREIRA
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Caracterização genômica de novos isolados de Lysinibacillus sphaericus para controle populacional de Culex quinquefasciatus
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Orientador : TATIANY PATRICIA ROMAO POMPILIO DE MELO
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MEMBROS DA BANCA :
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ANNA CAROLINA SOARES ALMEIDA
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DÉBORA ELIENAI DE OLIVEIRA MIRANDA
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VALESCA PANDOLFI
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Data: 30/07/2024
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Lysinibacillus sphaericus (Ls) é uma bactéria Gram-positiva, aeróbia, esporulante e de destaque no controle biológico de Culex quinquefasciatus devido ao seu modo de ação específico através da produção de proteínas de aspecto cristalino e de ação entomopatogênica. Apesar da sua eficácia e segurança ambiental, poucos são os estudos focados na bioprospecção de novas linhagens para atuação no controle biológico de culicídeos. O objetivo deste trabalho foi investigar a atividade entomopatogênica de novos isolados de Ls e atestar seu potencial para o controle de mosquitos. Os isolados I19A36 e I20A39, obtidos por bioprospecção no estado de Pernambuco, foram testados em bioensaios seletivos contra larvas de C. quinquefasciatus e caracterizados morfologicamente por microscopia eletrônica. Análises de sintenia, filogenia e rearranjos foram realizados para caracterizar seus genomas, bem como análises de grupos de genes ortólogos, mineração de genes e predições estruturais por modelagem molecular para a se caracterizar toxinas adicionais. A espectrometria de massas foi utilizada para detecção das mesmas toxinas in vivo. Os bioensaios revelaram que os novos isolados possuem atividade entomopatogênica competitiva quando comparadas com a cepa de referência 2362. Os dados de microscopia eletrônica mostraram a presença de cristais adicionais nos novos isolados quando comparados a cepa 2362. Para o isolado I19A36 ainda foram identificados dois genes codificantes para toxinas Cry22Aa por meio de mineração de genes, mas apenas uma destas toxinas foi detectada por espectrometria de massas, abrindo a possibilidade para utilização desta cepa no controle biológico de insetos visto que as toxinas Cry22Aa possuem ação verificada em outras ordens de inseto. Espera-se que estes resultados possam ser utilizados para a formulação de melhores estratégias no controle biológico de insetos.
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Lysinibacillus sphaericus (Ls) é uma bactéria Gram-positiva, aeróbia, esporulante que possui destaque no controle biológico de mosquitos do gênero Culex devido ao modo de ação específico através da produção de toxinas parasporais. Apesar da sua eficácia e segurança ambiental, poucos são os estudos focados na bioprospecção de novas linhagens para atuação no controle biológico. O objetivo deste trabalho é investigar o modo de ação de novos isolados de Ls e avaliar seu potencial para o controle de mosquitos. Os isolados I19A36 e I20A39, obtidos por bioprospecção no estado de Pernambuco, foram testados em bioensaios seletivos contra larvas de C. quinquefasciatus e caracterizados morfologicamente por microscopia eletrônica. Análises in silico foram realizadas para caracterizar seus genomas e toxinas adicionais foram preditas por modelagem molecular. Os bioensaios revelaram que os isolados I19A36 (CL 50 = 0,004 e CL 90 = 0,012) e I20A39 (CL 50 = 0,003 e CL 90 = 0,009) possuem boa atividade entomopatogênica contra larvas de C. quinquefasciatus, quando comparadas com a cepa de referência 2362 (CL 50 = 0.002 e CL 90 = 0.008). As análises in silico, junto com a microscopia eletrônica, revelaram a presença de cristais parasporais adicionais em I19A36, o que pode indicar uma ação peculiar para esta cepa que ainda não foi caracterizada para a espécie. Espera-se que os resultados possam ser utilizados para o aprimoramento das estratégias no controle biológico de C. quinquefasciatus.
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JULIANA ROBERTA MUNIZ DE OLIVEIRA
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Fatores de transcrição regulando a expressão de genes das vias de transdução de sinal por fitormônios em Jatropha curcas L. após estresse salino
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Orientador : EDERSON AKIO KIDO
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MEMBROS DA BANCA :
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JOAO PACIFICO BEZERRA NETO
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MARCUS VINÍCIUS LOSS SPERANDIO
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TERCILIO CALSA JUNIOR
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Data: 28/08/2024
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A Jatropha curcas L. é uma planta oleaginosa tolerante à seca, com potencial na produção de biocombustíveis. No entanto, a salinidade do solo representa um problema significativo, afetando negativamente sua produtividade. O crescimento das plantas sob estresses envolve complexos mecanismos de regulação genética, incluindo a interação de fitormônios e fatores de transcrição (FTs). O presente trabalho, objetivou identificar potenciais FTs associados aos genes envolvidos nas vias de transdução por fitormônios (auxina, citocinina, giberelina, ácido abscísico, etileno, jasmonato, brassinoesteróides, ácido salicílico e estrigolactonas) em J. curcas. Além disso, foi analisada a expressão gênica diferencial dessas vias em dois acessos da planta (Jc171 - moderadamente tolerante e Jc183 – tolerante a 150 mM NaCl) após exposição por 3 horas. Os genes envolvidos nessas vias revelaram a presença de FTs de diversas famílias importantes para respostas a estresses abióticos, com 17 delas sendo as mais representadas, incluindo ERF, DOF, C2H2, MYB, bHLH, bZIP, LBD, GRAS, BBR-BPC, TCP, NIN-LIKE, TALE, TRIHELIX, HD-ZIP, ARF e MICK-MADS. Foi constatado que o acesso Jc171 apresentou um maior número de transcritos diferencialmente expressos dentro das vias de fitormônios. Esse aumento pode indicar uma resposta mais ampla e intensa ao estresse salino, refletindo a dificuldade deste acesso em lidar com o estresse de maneira eficiente. A ativação desses genes nas vias de fitormônios sugere um papel potencial dos FTs na regulação da expressão gênica associada ao estresse. Os resultados deste estudo ampliam o conhecimento sobre os mecanismos moleculares que governam as respostas de J. curcas ao estresse salino, e poderão servir de fundamento para futuras pesquisas e práticas agrícolas que visem aprimorar a tolerância e a produtividade desta cultura em condições de salinidade.
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A Jatropha curcas L. é uma planta oleaginosa resistente à seca, com grande potencial na produção de biocombustíveis. No entanto, a salinidade do solo prejudica sua produtividade. O crescimento das plantas sob estresse envolve complexos mecanismos de regulação genética, incluindo a interação de fitormônios e fatores de transcrição (FTs). Este estudo teve como objetivo investigar os FTs relacionados aos genes envolvidos nas vias de sinalização por fitormônios (auxina, citocinina, giberelina, ácido abscísico, etileno, jasmonato, brassinoesteróides, ácido salicílico e estrigolactonas) em J. curcas e a expressão RNA-seq em dois acessos (Jc171 - moderadamente tolerante e Jc183 - tolerante) sob estresse salino (150 mM NaCl por 3h). Após análise da expressão gênica das vias de sinalização, identificamos os membros das famílias de FTs associados aos promotores destes genes. O acesso Jc171 apresentou uma modulação mais significativa em relação as vias. Notavelmente, as vias de sinalização ativadas incluíram AUX, ABA, BR, CK, ETH, SA e SL. Os genes relacionados a essas vias exibiram FTs de várias famílias, como Dof, MYB, NAC, TCP, bHLH, bZIP, C2H2, b-ZIP e Myb-related, sugerindo um possível papel na regulação da expressão dos transcritos nas bibliotecas RNA-Seq. Esses resultados fornecem informações valiosas sobre as vias de sinalização de fitormônios e os FTs envolvidos nas respostas da J. curcas ao estresse salino, auxiliando no desenvolvimento de estratégias para melhorar a capacidade da planta em lidar com esse tipo de estresse.
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LAURA MARIA RODRIGUES DA PAIXÃO
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Genoma Cloroplastidial de Calotropis procera: estrutura e relações filogenéticas em Apocynaceae
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Orientador : ANA MARIA BENKO ISEPPON
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MEMBROS DA BANCA :
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CICERO CARLOS DE SOUZA ALMEIDA
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MARCO JACINTO KATZENBERGER BAPTISTA NOVO
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MARIANA PIRES DE CAMPOS TELLES
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Data: 09/10/2024
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Espécies exóticas invasoras têm a capacidade de estabelecer e expandir sua distribuição em novos habitats. Um exemplo notável é Calotropis procera (Aiton) W. T, uma espécie xerófita e invasora na América do Sul, com ocorrência predominante nos ambientes de Restinga e no domínio da Caatinga. Apesar de sua tolerância aos fatores abióticos, como ambientes salinos, de baixa disponibilidade hídrica e nutricional, a espécie carece de informações que ajudem a ilustrar os mecanismos que contribuem para sua colonização em regiões áridas e semiáridas. Neste sentido, o presente estudo objetivou caracterizar e estruturar o genoma cloroplastidial (cpDNA) de C. procera, através da anotação, comparação da estrutura e da reconstrução filogenética para a família Apocynaceae. Dessa forma, as informações genômicas foram montadas com NOVOPlasty e anotadas via GeSeq. As regiões altamente variáveis para o gênero Calotropis foram identificadas pelo DnaSP. Para as análises de expansão/contração, o cpDNA foi comparado com plastomas da família Apocynaceae, identificando variações críticas nas junções LSC/IRb/SSC/IRa no IRscope. Por fim, a filogenia foi reconstruída pelo método de máxima verossimilhança (ML) no RAxML, com base em 117 plastomas completos. Com a metodologia descrevemos pela primeira vez o plastoma da espécie, os dados revelaram um genoma plastidial de estrutura circular e conteúdo de GC de 38,43%. O plastoma codifica 133 genes, com 94 loci de SSRs identificados e seis regiões altamente variáveis para o gênero (trnK-UUU, matK, rps16, infA, ycf2 e psbB). A análise entre os limites IR indicou que o genoma de C. procera apresenta variações entre as junções JSB e JSA, concentradas nos genes ycf1, tRNAs e rRNAs, que sugerem eventos evolutivos significativos, incluindo adaptações específicas a ambientes ou pressões seletivas. A reconstrução filogenética de Apocynaceae atribui forte suporte à monofilia do gênero Calotropis (C. procera e C. gigantea) e contribui para esclarecer incertezas taxonômicas em Hoya e na subfamília Periplocoideae. Por fim, nossos resultados contribuem para ilustrar os mecanismos que levaram C. procera a suportar ambientes extremos e ampliam os recursos genômicos disponíveis em Apocynaceae.
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Espécies exóticas invasoras têm a capacidade de estabelecer e expandir sua distribuição em novos habitats. Por conseguinte, representam uma ameaça a biodiversidade local ao competir diretamente com as espécies nativas. Um exemplo notável é Calotropis procera (Aiton) W. T, um arbusto xerófito e invasor na América do Sul, com ocorrência predominante nos ambientes de Restinga e no domínio da Caatinga, onde prevalecem características climáticas extremas. Apesar de sua tolerância aos fatores abióticos, como ambientes salinos e de baixa disponibilidade hídrica e nutricional, a espécie carece de informações que ajudem a ilustrar os mecanismos que contribuem para sua colonização em regiões áridas e semiáridas. Neste sentido, o presente estudo objetivou caracterizar e estruturar o genoma cloroplastidial (cpDNA) de C. procera, através da anotação, comparação da estrutura e da reconstrução filogenética para a família Apocynaceae. Dessa forma, as informações genômicas foram obtidas por sequenciamento de nova geração (NGS), montadas com NOVOPlasty e anotadas via GeSeq. As SSRs foram detectadas pelo MISA-web e regiões altamente variáveis para o gênero Calotropis foram identificadas pelo DnaSP. Para as análises de expansão/contração, o cpDNA foi comparado com plastomas da família Apocynaceae, identificando variações críticas nas junções LSC/IRb/SSC/IRa no IRscope. Por fim, a filogenia foi reconstruída pelo método de máxima verossimilhança (ML) no RAxML, com base em 121 plastomas completos, incluindo quatro espécies externas. Com a metodologia descrevemos pela primeira vez o plastoma da espécie, os dados revelaram um genoma plastidial de estrutura circular com um comprimento estimado de 165.443 pb e conteúdo de GC de 38,43%. O plastoma codifica 133 genes, com 94 loci de SSRs identificados e seis regiões altamente variáveis foram estimadas para o gênero (trnK-UUU, matK, rps16, infA, ycf2 e psbB). A análise entre os limites IR indicou que o genoma de C. procera apresenta variações entre as junções JSB e JSA, concentradas nos genes ycf1, tRNAs e rRNAs. A reconstrução filogenética de Apocynaceae atribui forte suporte a monofilia do gênero Calotropis (C. procera e C. gigantea) e contribui para esclarecer incertezas taxonômicas em Hoya e na subfamília Periplocoideae. Por fim, nossos resultados contribuem para ilustrar os mecanismos que levaram C. procera a suportar ambientes extremos e ampliam os recursos genômicos disponíveis em Apocynaceae.
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Teses |
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DENISE DE QUEIROGA NASCIMENTO
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ANÁLISE FUNCIONAL DOS GENES DOS INFLAMASSOMAS NLRP1 E NLRP3 EM PACIENTES COM LÚPUS ERITEMATOSO SISTÊMICO DE INÍCIO NA INFÂNCIA
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Orientador : PAULA SANDRIN GARCIA
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MEMBROS DA BANCA :
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ALESSANDRA PONTILLO
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LUCIANA MARTINS DE CARVALHO
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PAULA SANDRIN GARCIA
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PAULO ROBERTO ELEUTERIO DE SOUZA
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RAFAEL LIMA GUIMARAES
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Data: 29/01/2024
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Lúpus Eritematoso Sistêmico de início na infância (LESc) é uma doença autoimune
crônica caracterizada por inflamação persistente. Alterações genéticas e na
expressão de genes do complexo do inflamassoma já foram associadas a várias
doenças autoimunes, incluindo o lúpus eritematoso sistêmico (LES) em indivíduos
adultos. Assim, nosso estudo avaliou variantes de nucleotídeos únicos (SNVs) e a
expressão dos genes do inflamassoma em cultivo de células mononucleares do
sangue periférico de pacientes com LESc e indivíduos saudáveis. Nossos
resultados mostraram que o alelo A do rs2043211 do CARD8 está associado à
suscetibilidade ao LESc (OR=1,6, p=0,019). Além disso, o genótipo GG do
rs10754558 do NLRP3 aumentou o risco de alterações renais (OR=58,854;
p=0,027). Ainda, o alelo A do rs12150220 do NLRP1 foi relacionado à
suscetibilidade à anemia hemolítica (OR=3,16, p=0,013) e proteção contra rash
malar (OR=0,51; p=0,040), e o alelo A do rs16944 do IL-1β mostrou proteção contra
artrite, manifestações hematológicas e envolvimento renal. Quanto à análise da
expressão gênica, encontramos um aumento significativo da expressão do NLRP1
nos pacientes LESc (FC=2,22; p=0,038) sob estímulo de LPS + ATP, enquanto
outros genes não apresentaram diferenças estatisticamente significativas.
Observamos também menor expressão do gene IL-18 nos pacientes inativos na
condição LPS e LPS+ATP, em comparação com os controles. Assim, nosso estudo
demonstrou que o inflamassoma apresenta influência na patofisiopatologia do
LESc, tanto na susceptibilidade ao estabelecimento e manifestações da doença
quanto na expressão dos genes em resposta à diferentes estímulos.
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Lúpus eritematoso sistêmico juvenil (LESj) é uma doença autoimune crônica
caracterizada por um processo inflamatório abrupto e que sofre influencia
genética para seu desencadeamento. Variantes no complexo do inflamassoma
tem sido avaliados como contribuintes para a exacerbação inflamatoria
característica dessa doença. Assim, analisamos a possível associação dos
variantes de base única (SNVs) dos genes do inflamassoma NLRP1 (rs12150220)
NLRP3 (rs35829419), NLRP3 (rs10754558), CARD8 (rs2043211), CASP1
(rs61751523), IL18 (rs1946519) e IL-1B (rs16944) com o desenvolvimento da
doença e suas manifestações clínicas em 101 pacientes do estado de
Pernambuco, Alagoas e São Paulo e 109 controles saudáveis dos respectivos
estados. A genotipagem foi realizada com sondas TaqMan® e as frequências
alélicas, genotípicas e Equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) foram calculadas.
Associações entre genótipos e variáveis clínicas e demográficas foram realizadas
por regressão logística multinomial. Encontramos que o alelo A do SNV CARD8
rs2043211 está associado ao desenvolvimento do LESj (p=0,019). Nas
manifestações clínicas, o genótipo GG rs10754558 foi associada a proteção para
a alteração renal (p=0,0040), o alelo A rs12150220 à anemia hemolítica p=0,013)
e seu genótipo AA a proteção ao índice de atividade da doença (p=0,014). O alelo
A rs12150220 foi associada à proteção ao eritema malar (p=0,040) e o alelo A do
SNV rs16944 à artrite (p=0,015), alterações hematológicas (p=0.0015) e renal
(p=0,023). Concluimos que as variantes avaliadas contribuem para o
desenvolvimento do LESj e com manifestações clínicas na população estudada.
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2
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WERBSON LIMA GUARANA
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GENES DO COMPLEXO INFLAMASSOMA: SUSCEPTIBILIDADE AO DESENVOLVIMENTO DA OSTEOPOROSE E RESPOSTA FRENTE À TERAPIA COM BIFOSFONATOS
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Orientador : PAULA SANDRIN GARCIA
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MEMBROS DA BANCA :
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ALESSANDRA PONTILLO
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BRUNO DE MELO CARVALHO
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LUCAS ANDRE CAVALCANTI BRANDAO
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MICHELLY CRISTINY PEREIRA
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PAULA SANDRIN GARCIA
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Data: 30/01/2024
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Mostrar Resumo
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O sistema imunológico desempenha um papel crítico no estabelecimento da
osteoporose (OP), uma vez que a deficiência de estrógeno eleva a produção de IL-
1β e IL-18, aumentando a reabsorção óssea. Nesse contexto os inflamassomas são
as principais vias de ativação dessas citocinas, com estudos associando variantes
de nucleotídeo único (SNVs) com a maior atividade da via. O presente trabalho
avaliou a associação de SNVs em genes da via do inflamassoma NLRP3 com o
estabelecimento e severidade da OP. Adicionalmente, avaliamos a influência de
diferentes estímulos (Alendronato, IFN-γ e β-estradiol) na expressão de genes dos
inflamassomas NLRP3 e AIM2 em cultivos de células de osteosarcoma (SaOs-2).
Nossos resultados mostraram a associação do genótipo CA (rs35829419) no NLRP3
com a diminuição da densidade mineral óssea (DMO), enquanto o genótipo AA
(rs16944) no IL-1β foi associado com o aumento de DMO. Os genótipos GG
(rs16944) e AA (rs1946519) em IL-1β e IL-18apresentaram associação com
menores níveis de fosfatase alcalina (ALP) e de vitamina D, respectivamente. No
estudo in vitro com SaOs-2, observamos que o estímulo de IFN-γ aumentou a
expressão de AIM2 e CASP1, assim como os estímulos com alendronato e β-
estradiol aumentaram a expressão de CARD8 e GDSDMD. Dessa forma, nesse
estudo demonstramos que SNVs no NLRP3 podem apresentar impacto no
prognóstico do tratamento da OP, além de demonstrar a influência do IFN-γ,
alendronato e β-estradiol na expressão dos genes do inflamassoma.
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A osteoporose (OP) é uma doença osteometabólica multifatorial com o sistema imunológico desempenhando um papel crítico no estabelecimento da doença, uma vez que a deficiência de estrógeno eleva a produção de citocinas pró-inflamatórias IL-1β e IL-18 aumentando a reabsorção óssea. Nesse contexto o inflamassoma NLRP3 é a principal via de ativação dessas citocinas, porém variantes de nucleotídeo único (SNVs) em genes dessa via têm sido associados com o aumento de sua atividade. Dessa forma objetivo do trabalho foi avaliar a associação de SNVs em genes da via do inflamassoma NLRP3 (NLRP3, CARD8, CASP1, IL-18 e IL-1β) com o estabelecimento e severidade da OP. Para isso foram genotipadas 196 amostras de DNA de pacientes com OP pós-menopausa e 103 controles saudáveis. Nossos resultados mostraram a associação do genótipo CA (rs35829419) do NLRP3 com menores níveis densidade mineral óssea (DMO) na região lombar (p = 0,001); observamos também a associação do genótipo AA (rs16944) no IL-1β com maiores níveis de DMO na região do quadril (p = 0,009). Em relação aos marcadores bioquímicos avaliados, observamos associação do dos genótipos GG no IL-1β (rs16944) com menores níveis de fosfatase alcalina (ALP) (p = 0,009) e o genótipo AA IL-18 (rs1946519) com nos hmenores níveis de vitamina D (p = 0,018). Portanto, pode-se concluir que SNVs nos genes do complexo inflamassoma NLRP3 podem impactar negativamente no prognóstico do tratamento da OP, indicando sua participação no metabolismo ósseo e sua desregulação.
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RENATA SANTANA DA SILVA
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Mapeamento e análise de interações envolvidas na formação do complexo EIF4E6/ EIF4G5 de Trypanosoma brucei
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Orientador : OSVALDO POMPÍLIO DE MELO NETO
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MEMBROS DA BANCA :
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ANNA JESSICA DUARTE SILVA
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CHRISTIAN ROBSON DE SOUZA REIS
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ISABELLE FREIRE TABOSA VIANA
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MARIA HELENA NEVES LOBO SILVA
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OSVALDO POMPÍLIO DE MELO NETO
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Data: 26/02/2024
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Os tripanosomatídeos são protozoários flagelados responsáveis por várias doenças tidas como negligenciadas e se caracterizam por apresentar algumas peculiaridades biológicas no que diz respeito a mecanismo de controle da expressão gênica, regulada por eventos predominantemente pós-transcricionais e que inclui eventos regulatórios durante a tradução dos mRNAs. Em eucariotos, o reconhecimento do cap do mRNA pela subunidade 4E do complexo heterotrimérico eIF4F é considerado um elemento chave no processo de iniciação da tradução, tendo em vista que diferenças cinéticas nas interações eIF4F-mRNA podem mediar diferenças na eficiência da tradução entre mRNAs. Múltiplos homólogos foram identificados em tripanosomatídeos formando diferentes complexos do tipo eIF4F. Esse trabalho buscou estudar e caracterizar o complexo formado pelas proteínas EIF4E6/EIFG5/EIFG5-IP em T. brucei. Foram investigadas as interações moleculares envolvidas na interação EIF4E6/EIF4G5 por ensaios in vitro de interação de proteína-proteína e cristalografia. Onde um peptídeo na região N-terminal da EIF4G5 é responsável pela formação e interação entre a proteína EIF4E6 pertencente ao complexo. Posteriormente buscamos mapear as interações envolvidas entre o EIF4G5/EIF4G5-IP para isso três regiões conservadas no EIF4G5 sofreram substituição de seus aminoácidos para codificação de alaninas por mutagênese sítio dirigida e foram expressas em células procíclicas fusionadas ao epítopo HA e usadas em ensaios de imunoprecipitação. A análise de proteínas coprecipitadas mostraram a perda da interação entre as proteínas EIF4G5 e EIF5G5-IP sem ocorrer nenhum impacto na interação com a terceira proteína pertencente ao complexo, TbEIF4E6. E a presença de inúmeras proteínas da zona de fixação do flagelo e de citoesqueleto, por fim, confirmamos a atuação desse complexo na fase sanguínea atuando no processo de tradução, com a presença de diversas proteínas ribossomais 40S e 60S, além de outros fatores de tradução. Sendo assim, nossos experimentos devem ajudar a entender melhor o papel deste complexo na espécie de T. brucei.
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Os tripanosomatídeos são protozoários flagelados responsáveis por várias doenças tidas como negligenciadas e se caracterizam por apresentar algumas peculiaridades biológicas no que diz respeito a mecanismo de controle da expressão gênica, regulada por eventos predominantemente pós-transcricionais e que inclui eventos regulatórios durante a tradução dos mRNAs. Em eucariotos, o reconhecimento do cap do mRNA pela subunidade 4E do complexo heterotrimérico eIF4F é considerado um elemento chave no processo de iniciação da tradução, tendo em vista que diferenças cinéticas nas interações eIF4F-mRNA podem mediar diferenças na eficiência da tradução entre mRNAs. Múltiplos homólogos foram identificados em tripanosomatídeos formando diferentes complexos do tipo eIF4F. Esse trabalho buscou estudar e caracterizar o complexo formado pelas proteínas EIF4E6/EIFG5/EIFG5-IP em T. brucei. Foram investigadas as interações moleculares envolvidas na interação EIF4E6/EIF4G5 por ensaios in vitro de interação de proteína-proteína e cristalografia. Onde um peptídeo na região N-terminal da EIF4G5 é responsável pela formação e interação entre a proteína EIF4E6 pertencente ao complexo. Posteriormente buscamos mapear as interações envolvidas entre o EIF4G5/EIF4G5-IP para isso três regiões conservadas no EIF4G5 sofreram substituição de seus aminoácidos para codificação de alaninas por mutagênese sítio dirigida e foram expressas em células procíclicas fusionadas ao epítopo HA e usadas em ensaios de imunoprecipitação. A análise de proteínas coprecipitadas mostraram a perda da interação entre as proteínas EIF4G5 e EIF5G5-IP sem ocorrer nenhum impacto na interação com a terceira proteína pertencente ao complexo, TbEIF4E6. E a presença de inúmeras proteínas da zona de fixação do flagelo e de citoesqueleto, por fim, confirmamos a atuação desse complexo na fase sanguínea atuando no processo de tradução, com a presença de diversas proteínas ribossomais 40S e 60S, além de outros fatores de tradução. Sendo assim, nossos experimentos devem ajudar a entender melhor o papel deste complexo na espécie de T. brucei.
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RAHISA HELENA DA SILVA
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Genômica Estrutural, Comparativa e Funcional De Genes Codificadores de Helicases Expressos em Pinhão-Manso (Jatropha curcas L.) Sob Estresse Salino
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Orientador : EDERSON AKIO KIDO
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MEMBROS DA BANCA :
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ANA CHRISTINA BRASILEIRO VIDAL
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EDERSON AKIO KIDO
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MARCUS VINÍCIUS LOSS SPERANDIO
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NATONIEL FRANKLIN DE MELO
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VALESCA PANDOLFI
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Data: 29/02/2024
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O pinhão-manso (Jatropha curcas L.) é uma oleaginosa não comestível com potencial para produção de biodiesel. Apesar de tolerante à seca, o pinhãomanso é sensível a salinidade do solo, um dos principais estresses abióticos. Quando submetidas a estresses, o metabolismo das plantas recorre a uma variedade de grupos gênicos que irão atuar para manter o equilíbrio celular. Dentre esses grupos gênicos, as helicases têm sido associadas a vias de tolerância a estresses. Logo, o objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar os genes helicase de pinhão-manso e avaliar sua resposta a salinidade. Foram identificados 130 genes codificadores de helicases para pinhão-manso. Destes, 79 codificam RNA helicases, 25 DNA helicases e 26 remodeladores da cromatina. Todas as helicases de pinhão-manso compartilham o core conservado relativo ao grupo, que consiste na presença dos motivos Walker A e Walker B dispostos em dois domínios centrais. As regiões promotoras desses genes apresentaram candidatos a elementos cis regulatórios importantes no contexto de respostas a estresses abióticos, tais como Dof-type, AP2-ERF, HDZIP, WRKY, bHLH dentre outros. Dados de RNA-Seq permitiram identificar 103 transcritos helicase diferencialmente expressos (p-value < 0.0001; FDR < 0.005) a estímulo de salinidade (150 mM de NaCl por três horas). Redes PPI evidenciaram uma variedade de processos envolvendo essas helicases incluindo vias de splicing, reparo do DNA, biogênese ribossomal, turnover de RNAs e proteínas, síntese de fosfoinositídeos, transporte vesicular, manutenção de cloroplastos e mitocôndrias dentre outros. Estes resultados podem auxiliar o desenvolvimento de marcadores moleculares funcionais a serem utilizados nos programas de melhoramento da planta.
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O pinhão-manso (Jatropha curcas L.) é uma oleaginosa não comestível com potencial para produção de biodiesel. Apesar de tolerante à seca, o pinhãomanso é sensível a salinidade do solo, um dos principais estresses abióticos. Quando submetidas a estresses, o metabolismo das plantas recorre a uma variedade de grupos gênicos que irão atuar para manter o equilíbrio celular. Dentre esses grupos gênicos, as helicases têm sido associadas a vias de tolerância a estresses. Logo, o objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar os genes helicase de pinhão-manso e avaliar sua resposta a salinidade. Foram identificados 130 genes codificadores de helicases para pinhão-manso. Destes, 79 codificam RNA helicases, 25 DNA helicases e 26 remodeladores da cromatina. Todas as helicases de pinhão-manso compartilham o core conservado relativo ao grupo, que consiste na presença dos motivos Walker A e Walker B dispostos em dois domínios centrais. As regiões promotoras desses genes apresentaram candidatos a elementos cis regulatórios importantes no contexto de respostas a estresses abióticos, tais como Dof-type, AP2-ERF, HDZIP, WRKY, bHLH dentre outros. Dados de RNA-Seq permitiram identificar 103 transcritos helicase diferencialmente expressos (p-value < 0.0001; FDR < 0.005) a estímulo de salinidade (150 mM de NaCl por três horas). Redes PPI evidenciaram uma variedade de processos envolvendo essas helicases incluindo vias de splicing, reparo do DNA, biogênese ribossomal, turnover de RNAs e proteínas, síntese de fosfoinositídeos, transporte vesicular, manutenção de cloroplastos e mitocôndrias dentre outros. Estes resultados podem auxiliar o desenvolvimento de marcadores moleculares funcionais a serem utilizados nos programas de melhoramento da planta.
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BENIGNO CRISTOFER FLORES ESPINOZA
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PRODUÇÃO E ENSAIO PRÉ-CLÍNICO DE VACINA CONTRA O SARS-CoV-2 UTILIZANDO A LEVEDURA Pichia pastoris COMO CARREADORA DA PROTEINA SPIKE
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Orientador : ANTONIO CARLOS DE FREITAS
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MEMBROS DA BANCA :
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ANTONIO CARLOS DE FREITAS
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LINDOMAR JOSE PENA
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MOACYR JESUS BARRETO DE MELO REGO
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TERCILIO CALSA JUNIOR
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WILL DE BARROS PITA
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Data: 24/05/2024
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Introdução: A proteína Spike do SARS-CoV-2 permite o ingresso do vírus na célula pela sua interação com o receptor ECA-2, sendo o principal objetivo para a produção de novos modelos vacinais. As vacinas da Moderna (RNAm-1273), Pfizer-BioNTech, AstraZeneca (AZD1222), da Johnson & Johnson (Ad26.COV-2-S) e da “Nuvaxovid™” (NVX-CoV2373) utilizam a proteína Spike para a ativação da resposta imune tanto celular como humoral contra o SARS-CoV-2. Dentre as plataformas vacinais (Ácidos Nucleicos, VLP, Vetores Virais, Proteínas Recombinantes), o uso de leveduras como modelo vacinal, conseguem manter as modificações pós-traducionais das proteínas heterólogas, e quando usadas como modelo vacinal em animais, leva a ativação da resposta imune com produção de anticorpos neutralizantes. As ferramentas moleculares permitem, nas leveduras, a ancoragem das proteínas na porção externa da parede celular, facilitando a interação do antígeno com as células imunológicas e direcionando a resposta na produção de linfócitos CD4+ e CD8+ ativos, além da produção de anticorpos específicos contra o patógeno-alvo. Objetivo: O presente estudo propõe o uso da P. pastoris GS115 com a proteína Spike ancorada na parede como um novo modelo vacinal contra o SARS-CoV-2. Metodologia: Foi utilizado o vetor de expressão pPGKΔ3-αAG para clonagem do gene Spike. A partir dos clones confirmados, o DNA plasmidial obtido foi tratado com SacI e logo inserido na levedura por eletroporação. As leveduras recombinantes foram cultivadas em meio YPD para a confirmação da proteína Spike pelo método de Western Blot, e a confirmação da ancoragem por Yeast-ELISA. A vacinação dos camundongos com 1x108 células de P. pastoris-Spike, permitiu avaliar a segurança das leveduras e a resposta imunológica. Resultados e discussão: Após a confirmação da ancoragem da proteína Spike pelo o Yeast-ELISA e a vacinação dos camundongos com a levedura recombinante, foi observado a ativação e a produção dos linfócitos CD4+ ativos contra o SARS-CoV2 no modelo murino. A linfopenia presente em pacientes adoecidos pela COVID-19 e a diminuição dos linfócitos T CD4+/CD45, compromete a resposta imune adaptativa. Neste estudo, identificamos a presença dos linfócitos CD4+/CD45 que são importantes na manutenção da ativação da resposta dos linfócitos B e T direcionados ao antígeno. Os anticorpos neutralizantes achados após a vacinação, são gerados não só pela presença do RBD, mas também do NTD, e dos epítopos lineais S15P5 e S21P2 presentes na proteína Spike, tornado a Spike um promissor antígeno vacinal. Conclusões: Assim, a estratégia vacinal utilizada permitiu a ancoragem da proteína Spike na parede da P. pastoris GS115 e quando utilizada como modelo vacinal induziu de forma segura a estimulação do sistema imune, direcionando a resposta na produção de linfócitos T CD4+/CD45+ e anticorpos neutralizantes contra o SARS-CoV-2.
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Introdução: A proteína Spike permite a invasão da célula hospedeira pelo SARS-CoV-2 através de sua ligação ao receptor de membrana ECA2 e, portanto, é o principal alvo para o desenvolvimento de vacinas. Diferentes modelos vacinais já foram desenvolvidos contra a COVID-19, como vírus inativados ou atenuados, vetores virais, subunidade proteica, ácido nucleico e de Partículas Semelhantes ao Vírus (VLP). Dentre das possíveis plataformas, o uso de leveduras é um dos modelos mais eficazes para a ativação da resposta imune humoral e adaptativa. As ferramentas moleculares permitem, nas leveduras, a expressão de proteínas de origem viral, bacteriana, de protozoários, fungos e associadas ao câncer, as quais são usadas como antígenos. As modificações pós-traducionais das proteínas são realizadas permitindo que a geração de anticorpos contra o antígeno seja específica. Vacinas contra H5N1, H7N9 e Toxoplasma gondii desenvolvidas em Saccharomyces cerevisiae e, algumas contra o Vírus da Lobina Negra (LMBV) e contra a região RBD do SARS-CoV-2 desenvolvidas em Pichia pastoris, estimularam a produção de anticorpos neutralizantes. Objetivo: Observando a capacidade das leveduras serem utilizadas como vetores vacinais eficazes, nosso objetivo é desenvolver uma estratégia vacinal contra SARS-CoV-2 baseada no uso de P. pastoris como carreadora da proteína Spike do SARS-Cov-2. Metodologia: Foi utilizado o vetor plasmidial pPGK∆3-αAG para clonagem do gene Spike. A partir dos clones confirmados, o DNA plasmidial foi obtido foi tratado com SacI e logo inserido em P. pastoris GS115. Para a produção da proteína Spike, foi feito o crescimento da levedura em meio YPD e a confirmação da proteína foi feita por Western Blot e imunofluorescência. Resultados: Foram obtidos clones de E. coli Top-10 e P. pastoris GS115 recombinantes para pPGK∆3-αAG-Spike. A presença da proteína Spike ancorada em P. pastoris GS115 foi confirmada por imunofluorescência. Discussão e conclusão: O promotor PGK1 permite a integração do cassete de expressão no genoma de P. pastoris, enquanto o factor de secreção α-MF dirige a secreção da proteína e a âncora α-aglutinin liga a nossa proteína aos β-1,6 glucanos presentes na parede da levedura. A incubação por 72 h em meio YPD a 28 °C, foi o ideal para obter a produção da proteína Spike.
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ALINE PRISCILA FELIX
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REPETOMA DO BESOURO Euchroma gigantea (BUPRESTIDAE): ASPECTOS EVOLUTIVOS RELACIONADOS A DIVERSIFICAÇÃO.
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Orientador : RITA DE CASSIA DE MOURA
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MEMBROS DA BANCA :
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ANDREA PEDROSA HARAND
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MARCO JACINTO KATZENBERGER BAPTISTA NOVO
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RITA DE CASSIA DE MOURA
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SEBASTIÁN PITA
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VALESCA PANDOLFI
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Data: 29/05/2024
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O repetoma é composto por DNA satélites (DNAsat) e elementos transponíveis (TEs), duas classes de sequências repetitivas que desempenham papel crucial na evolução e diferenciação das espécies, e que podem promover a remodelação cromossômica. O besouro Euchroma gigantea, apresenta um alto polimorfismo cromossômico, que pode estar relacionado a composição de DNAsat e TEs em seu genoma, que possivelmente possuem um papel na diversificação do gênero. O objetivo desse estudo foi evidenciar aspectos evolutivos do repetoma de E. gigantea e o papel na diferenciação das três linhagens genéticas descritas na espécie. Um total de quatro indivíduos pertencentes às linhagens da espécie e com ocorrência em diferentes regiões do Brasil foram sequenciados e caracterizados quanto a abundância, diversidade e divergência no satelitoma e no mobiloma, utilizando os programas RepeatExplorer, RepeatMasker e dnaPipeTE. Adicionalmente, foi verificado a autonomia funcional dos TEs, pela busca no GetORF e CD-Search e os eventos de transferência horizontal (HT) de TEs foram verificados por distância genética e incongruências filogenéticas. O satelitoma foi composto por 26 DNAsats compartilhados nas diferentes linhagens, apoiando a hipótese da biblioteca, exceto EgiSat21-168. O conteúdo total de satDNA foi inferior a 11,2%, com significativa expansão e seguiu o recente modelo de evolução cromossômica de E. gigantea, apresentando padrões diferenciais de amplificação e contração dos DNAsat entre os indivíduos/linhagens. Por sua vez, o conteúdo do mobiloma (26-32%) apresentou 27 superfamílias compartilhadas e nove exclusivas. O mobiloma apresentou predominância de transposons de DNA e divergência geral de até 30%, com múltiplos eventos de transposição antigos. Elementos jovens, particularmente os TcMar, apresentaram mobilidade potencial e alta identidade com TEs de espécies filogeneticamente distantes, sugerindo HT para outros insetos e indicando possível papel na remodelação cromossômica. Essas descobertas revelaram como ocorre a diferenciação do repetoma e as interações entre a evolução molecular e cromossômica de E. gigantea, com potenciais implicações na especiação do gênero Euchroma, considerado taxonomicamente como monotípico.
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A evolução do repetoma pode contribuir para diferenciação das espécies e é moldada principalmente por rearranjos cromossômicos, que são frequentes na diversificação cariotípica no besouro Euchroma gigantea. Esta espécie é um interessante modelo para estudar a evolução das sequências repetitivas e seu papel na especiação. O objetivo desse estudo foi verificar evidências dos DNAs satélites (DNAsat) e Elementos de transposição (TEs), na diferenciação das linhagens de Euchroma gigantea. Para isso, o genoma de quatro indivíduos das três linhagens de E. gigantea foram sequenciados e caracterizados (abundância, diversidade e divergência) no RepeatExplorer e dnaPipeTE. Foi verificado a autonomia funcional dos TEs, pela busca no ORFfinder e CD-Search. Eventos de transferência horizontal (HT) foram verificados por distância genética e incongruências filogenéticas. O satelitoma possui uma baixa abundância (>0,115%) e está composto por 34
DNAsats compartilhados nas diferentes linhagens, exceto EgigSat18-168. O satelitoma apresentou possível expansão relacionada à evolução cariotípica, baixa divergência (10%), amplificação (18) e contração (12) de DNAsats. Por sua vez, o mobiloma do indivíduo de Pernambuco apresentou 31 superfamílias correspondente
a 20% do genoma repetitivo. Além disso, apresentou baixa divergência (5-20%), TEs Tc1-Mariner possivelmente autônomos e onze Mariner com possíveis HT, na direção de E. gigantea para outros insetos. Isto não exclui a possibilidade deles estarem relacionados a evolução cromossômica. Este cenário sugere diferenciação do satelitoma entre as linhagens de E. gigantea, riqueza de TEs e possíveis eventos de HT, embora a HT de Mariner não contribua com evolução do mobiloma.
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LUCAS CARVALHO DE FREITAS
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Identificação de peptídeos inibidores do SARS-CoV-2 oriundos de palma-forrageira (Opuntia sp.) e Bacilus subtillis
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Orientador : TERCILIO CALSA JUNIOR
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MEMBROS DA BANCA :
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ANNA JESSICA DUARTE SILVA
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KATIA CASTANHO SCORTECCI
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LINDOMAR JOSE PENA
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MARCOS ANDRE CAVALCANTI BEZERRA
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TERCILIO CALSA JUNIOR
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Data: 30/08/2024
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A emergência e reemergência de doenças infectocontagiosas causadas por patógenos virais, como o SARS-CoV-2, traz a necessidade do desenvolvimento de novas tecnologias profiláticas e terapêuticas para contenção da disseminação viral e tratamento da doença. Nesse sentido, uma abordagem promissora é a prospecção de moléculas bioativas de plantas e microrganismos com potencial antiviral. A palma-forrageira (Opuntia sp.) e Bacillus subtilis são fontes de peptídeos/proteínas com propriedades farmacoterapêuticas, destacando-se a surfactina, inibidores de proteases (IPs), ribonucleases (RNAses), lectinas, rRNA N-glicosilases, entre outros. Tais bioativos, além de não apresentarem citotoxicidade relevante, são relatados como eficientes inibidores da replicação de vírus envelopados, e podem ser utilizados no desenvolvimento de novas estratégias biotecnológicas antivirais. O presente estudo visa identificar, através de métodos bioquímicos e moleculares, potenciais proteínas antivirais de Opuntia sp. e B. subtilis, e avaliar seu potencial em reduzir a infectividade do SARS-CoV-2. A surfactina, lipopetídeo cíclico sintetizado por B. subtilis e as proteínas antivirais presentes nos cladódios de Opuntia stricta clone IPA200016 foram obtidas por protocolos específicos e caracterizadas qualitativa e quantitativamente através de métodos cromatográficos (HPLC) e espectrométricos (LC-MS/MS). Posteriormente, as proteínas foram avaliadas quanto a sua citotoxicidade pelo método MTT e sua atividade contra o SARS-COV-2 mensurada por TCID50/mL em células Vero CCL-81. Os genótipos de B. subtilis UFPEDA 438, QST 713-like e UFRA-92 se mostraram excelentes produtores de surfactina, as quais apresentaram concentrações citotóxica mínimas (CC20) de 61,9 µM até 131,1 µM. A surfactina de B. subtilis UFPEDA 438 e a comercial (≥ 98% pureza) exibiram atividade contra o SARS-CoV-2, com redução dos títulos virais em 1,63 log10 e 2 log10 TCID50/mL. Em relação aos peptídeos obtidos dos cladódios de O. stricta IPA200016, foram identificadas nas frações proteicas precipitadas em concentrações 0–30 % e 30–60 % de sulfato de amônio (m:v), proteínas com potencial antiviral como inibidores de serino e cisteíno proteases, lectinas, rRNA N-glicosilases. As frações proteicas exibiram valores CC20 de 39 µg (0-30%) e 37,4 µg (30–60 %), porém somente a 30-60 % apresentou reduções nos títulos virais em 1,5 log10 TCID50/mL. Por fim, a fração enriquecida de ribonuclease, também obtida dos cladódios de palma-forrageira, apresentou alta atividade nucleolítica e exibiu valores de CC20 de 39 µg, porém não foi efetiva em reduzir a infectividade do SARS-CoV-2. Os resultados obtidos demonstram a eficácia de proteínas / peptídeos oriundos de fontes naturais e que poderão ser aplicados em futuras estratégias no combate ao SARS-CoV-2.A emergência e reemergência de doenças infectocontagiosas causadas por patógenos virais, como o SARS-CoV-2, traz a necessidade do desenvolvimento de novas tecnologias profiláticas e terapêuticas para contenção da disseminação viral e tratamento da doença. Nesse sentido, uma abordagem promissora é a prospecção de moléculas bioativas de plantas e microrganismos com potencial antiviral. A palma-forrageira (Opuntia sp.) e Bacillus subtilis são fontes de peptídeos/proteínas com propriedades farmacoterapêuticas, destacando-se a surfactina, inibidores de proteases (IPs), ribonucleases (RNAses), lectinas, rRNA N-glicosilases, entre outros. Tais bioativos, além de não apresentarem citotoxicidade relevante, são relatados como eficientes inibidores da replicação de vírus envelopados, e podem ser utilizados no desenvolvimento de novas estratégias biotecnológicas antivirais. O presente estudo visa identificar, através de métodos bioquímicos e moleculares, potenciais proteínas antivirais de Opuntia sp. e B. subtilis, e avaliar seu potencial em reduzir a infectividade do SARS-CoV-2. A surfactina, lipopetídeo cíclico sintetizado por B. subtilis e as proteínas antivirais presentes nos cladódios de Opuntia stricta clone IPA200016 foram obtidas por protocolos específicos e caracterizadas qualitativa e quantitativamente através de métodos cromatográficos (HPLC) e espectrométricos (LC-MS/MS). Posteriormente, as proteínas foram avaliadas quanto a sua citotoxicidade pelo método MTT e sua atividade contra o SARS-COV-2 mensurada por TCID50/mL em células Vero CCL-81. Os genótipos de B. subtilis UFPEDA 438, QST 713-like e UFRA-92 se mostraram excelentes produtores de surfactina, as quais apresentaram concentrações citotóxica mínimas (CC20) de 61,9 µM até 131,1 µM. A surfactina de B. subtilis UFPEDA 438 e a comercial (≥ 98% pureza) exibiram atividade contra o SARS-CoV-2, com redução dos títulos virais em 1,63 log10 e 2 log10 TCID50/mL. Em relação aos peptídeos obtidos dos cladódios de O. stricta IPA200016, foram identificadas nas frações proteicas precipitadas em concentrações 0–30 % e 30–60 % de sulfato de amônio (m:v), proteínas com potencial antiviral como inibidores de serino e cisteíno proteases, lectinas, rRNA N-glicosilases. As frações proteicas exibiram valores CC20 de 39 µg (0-30%) e 37,4 µg (30–60 %), porém somente a 30-60 % apresentou reduções nos títulos virais em 1,5 log10 TCID50/mL. Por fim, a fração enriquecida de ribonuclease, também obtida dos cladódios de palma-forrageira, apresentou alta atividade nucleolítica e exibiu valores de CC20 de 39 µg, porém não foi efetiva em reduzir a infectividade do SARS-CoV-2. Os resultados obtidos demonstram a eficácia de proteínas / peptídeos oriundos de fontes naturais e que poderão ser aplicados em futuras estratégias no combate ao SARS-CoV-2.
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A emergência e reemergência de doenças infectocontagiosas causadas por
patógenos virais, como o SARS-CoV-2, traz a necessidade do desenvolvimento de
novas tecnologias profiláticas e terapêuticas para contenção da disseminação viral
e tratamento da doença. Nesse sentido, uma abordagem promissora é a
prospecção de moléculas bioativas de plantas e microrganismos com potencial
antiviral. A palma forrageira (Opuntia sp.) e Bacillus subtilis são fontes de
peptídeos/proteínas com propriedades farmacoterapêuticas, destacando-se os
biossurfactantes, inibidores de proteases (IPs), ribonucleases (RNAses) e lectinas.
Tais bioativos, além de não apresentarem citotoxicidade relevante, são relatados
como eficientes inibidores da replicação de vírus (+)ssRNA, e podem ser utilizados
no desenvolvimento de novas estratégias antivirais profiláticas e terapêuticas. O
presente estudo visa identificar, in silico e in vitro, potenciais IPs, RNAses,
biossurfactantes e lectinas inibidores do SARS-CoV-2 de Opuntia sp. e B. subtilis.
Os peptídeos candidatos foram obtidos diretamente dos organismos em estudo ou
a partir de sequências aminoacídicas dos seus proteomas preditos. Para a primeira
abordagem, foram isoladas ribonucleases dos cladódios de Opuntia stricta e o
lipopeptídeo cíclico surfactina produzido por B. subtilis. Estes foram caracterizados
quanto às suas respectivas atividades biológicas e posteriormente testados quanto
a sua citotoxicidade e atividade antiviral. Os resultados demonstraram que ambos
não apresentaram citotoxicidade relevante, e apenas a surfactina teve atividade
antiviral significativa contra o SARS-CoV-2. Para a segunda abordagem, foram
identificadas 513 sequências de proteínas contendo domínios específicos para IPs
(26), RNAses (365) e lectinas (125) nos proteomas preditos de Opuntia ficus-indica,
Opuntia streptacantha e Opuntia cochenillifera. O alinhamento destas sequências
com proteínas antivirais de diferentes organismos revelou alto grau de ortologia
entre 42 sequências, com domínios funcionais antivirais associados as
ribonucleases T2 e Dicer/III (RNAses), jacalina e concanavalina (lectinas), bem
como inibidores de serina/cisteína-proteases (IPs). Diante dos resultados parciais,
é possível concluir que apenas a surfactina exibiu atividade antiviral significativa
contra o SARS-CoV-2, porém testes antivirais adicionais serão realizados com as
RNAses obtidas de O. stricta, assim como os peptídeos candidatos de IPs, RNAses
e lectinas identificados nos proteomas preditos de O. ficus-indica, O. streptacantha
e O. cochenillifera.
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